“北京人”到底在哪里呢？对于头盖骨丢失的线索有成千上万条，钟振兴多年来苦苦搜索，总结了几条主要线索，很有价值：
一、头盖骨可能有几块在天津的美军士兵营地下。因为当时的两个大箱子就埋在下面，后来日本军队都没刨出它们。尽管不可能会有全部头盖骨，但有人猜测里面可能会有真东西。当初的美军兵营后来成了天津卫生学校，以后不断有其他建筑耸立在这块曾经的兵营土地上。据传还有挖地坑的建筑工人发现了地下有白色箱子，但不能肯定是不是携带头盖骨的箱子。
二、头盖骨有可能被日本人埋在秦皇岛某处。因为当时美日开战，日本迫于应付太平洋战场和中国南北战场，还有东南亚一带，他们的兵力太匮乏，没来得及送头盖骨就去作战了。拿到头盖骨埋在秦皇岛某一秘密处，等以后再来取。
三、头盖骨极有可能被日本侦探和士兵送到日本，交给政府并转移藏到了日本皇宫地下。日本军人掠夺文物和古董是出名的，他们至今还留有大量战时从中国掠来的文物，那么头盖骨也被他们秘密藏起来，而对外界说他们从没找到头盖骨以掩视听，还派人装模作样继续寻找，这种可能性极大，也是百姓呼声最高的一种猜测。
四、日军士兵在乘船转移头盖骨的过程中，可能不幸落水或随船沉没。其中就是著名的“阿波丸”号和“里斯本”号沉船事故，这是中国部分学者和官员对此最大的怀疑。
五、头盖骨与随军行李可能藏于日本某个山洞里。有人发现在日本北海道有一处陆上自卫队的基地，这里二战期间原是海军的航空基地。当时在小山里开挖的数条巨大隧道，台湾被日本占领时，日本把几件大行李从台湾运到这个隧道里，其中就有从秦皇岛到台湾的日军士兵的行李，那么头盖骨在其中就有一定可能性。
六、日军士兵有携带文物作战的习惯，从不离身。迫于战争需要，他们有可能把头盖骨带到北平、华北、东北一带作战，并可能为逃命丢落于中国内地。这是一种很大的可能性，因为日军转战南北，不仅华北、东北，他们还有可能调到华南、东南亚一带作战，那么失踪的范围就更大。
七、头盖骨有可能被美国人获得，一是从头盖骨运出协和医学院后，在美国公使馆停留较长时间，如果不讲信用他们极可能偷梁换柱；二是从天津、秦皇岛一带他们有可能乘小船走脱到了美国，根本没送到秦皇岛；三是二战结束后，日本在东京向美国投降，极有可能把头盖骨等物品交给盟军司令部，这就是当时“中央研究院”院长李济出访日本的原因。
八、可能有头盖骨藏于国内。这是因为日军士兵携带头盖骨辗转南北丢失而藏于地下，或被某位中国人捡到藏了起来，或被认为是不详之物再次被掩埋。
九、头盖骨有可能被某个文物机构或古董集团收购而去，作为宝物始终没有公开。
当然，钟振兴很清楚，这些线索是近年反映较为集中的线索，其中有的比较可信，有的还是猜测，有的则是后来找到头盖骨的重要线索。不管怎么说，线索远远不止这些，还有些线索很是离谱，不过只要是可能，就是一种希望。中方总是倾听记录每一条哪怕是最不可能的线索，认真对待查证，因为有时最不可能就是最可能的，人的思维千万别钻牛角尖扛到底。比如说天津美军兵营地下，基本上是没多大可能，但后来几经波折找到两只残破的箱子，虽然没找到头盖骨，但是发现了在美国公使馆拆下的包装纸，从而印证了美方人员确实拆过胡承志给头盖骨弄的包装，并可能用背包运走，来了个调虎离山。
而对一些较有可信的线索，钟振兴还是有极大兴趣，其中嫌疑最大的是“阿波丸”沉船事件，因为很多学者和官员怀疑头盖骨有可能随船沉没，事实果真如此吗？
1945年初，“阿波丸”被日本军队征用，用作救济运输船。为避人耳目，“阿波丸”悬挂象征和平的绿十字旗，并在船体两侧油漆上巨大醒目的绿十字标志，以掩盖其为侵略战争服务的真实用途。1945年3月28日，“阿波丸”在新加坡装载了从东南亚一带撤退的、包括大批日本军人在内共两千多人和掠夺来的战略物资以及黄金百银等贵重物品（其中的重要文物有人怀疑包括“北京人”头盖骨在内），起航经我国南海、黄海、东海驶回日本。4月1日午夜时分，“阿波丸”航行至我国福建省牛山岛以东海域，被正在该处海域巡航的美军潜艇“皇后鱼号”发现追踪，在发出警报无效后，“阿波丸”被发射的数枚鱼雷击中后迅速沉没，因此，有人怀疑“阿波丸”上有大量财富和头盖骨，是条贵重的“金船”。
