伊斯兰教初入西域
随着西域的佛教势力日渐强大，在高昌、甘州、龟兹、于阗等地，佛教逐渐取代了其他的宗教，成为占统治地位的宗教。
公元7世纪，吐蕃占领西域，安西四镇（于阗、疏勒、龟兹、焉耆）全部陷落。吐蕃的统治酷烈残忍，赋税差役严重，民不聊生。他们的掠夺对龟兹地区的佛教文化更是一次不留情的摧毁。如此凄惨的状况一直持续到公元9世纪中叶，吐蕃在西鹘的西迁下退出西域的历史舞台。
唐开成五年（公元840年），漠北回鹘（公元788年回纥改称回鹘）汗国受到了黠戛斯族（也叫坚昆，即今柯尔克孜族的先民）军事力量的沉重打击，族众四散，国势骤衰，由鼎盛一时跌进低谷。
为了躲避战乱，回鹘从鄂尔浑河流域分三支向西南方向迁徙：一支南下到河西走廊，史称”河西回鹘“；一支西去新疆高昌地区，史称”西州回鹘“或”高昌回鹘“；一支迁到喀什和中亚楚河南部地区。
西迁之后的西州回鹘不仅信奉摩尼教，也开始信奉佛教，使佛教成为高昌第一宗教。经过一番休养生息后，佛教以高昌为中心重新发展壮大起来。
公元10世纪中叶，西迁中亚地区的回鹘人联合葛逻禄、样磨、乌古斯等古代突厥语族东越葱岭，以今喀什为中心的新疆西部和中亚七河流域、河中地等广大地区，建立了喀喇汗王朝，初以的巴拉沙衮（今吉尔吉斯斯坦伊塞克湖以西不远）为首都，喀什为陪都，后期将首都迁至喀什。
在此之前的唐玄宗时，唐朝与阿拉伯的阿拔斯王朝（即黑衣大食）之间发生了怛罗斯之战。由于唐朝战败，原本臣服于唐朝的中亚诸国转而臣服于阿拔斯王朝和吐蕃王朝，伊斯兰教开始传入中亚，与佛教开始争夺信众。
两教双峰并立
公元10世纪上叶，伊斯兰教在中亚的传播出现了新的高潮，并取得了突破性的进展，一举突破了帕米尔和锡尔河这两个长期以来就构成伊斯兰教在中亚传播障碍的界线，率先使中亚诸突厥游牧民族在短期内完成了伊斯兰化过程，为以后在新疆境内全面推行伊斯兰化奠定了坚实的基础。
喀喇汗王朝的萨图克·布格拉汗，首先率臣民接受伊斯兰教，成为维吾尔族中第一个信仰伊斯兰教的统治者。
公元955年，萨图克·布格拉汗死，其子穆萨·阿尔斯兰汗继位，继续推行伊斯兰教。公元960年，在喀喇汗王朝地域内有二十万帐操突厥语的游牧民接受了伊斯兰教。同年，穆萨·阿尔斯兰汗宣布伊斯兰教为国教，新疆历史上第一个伊斯兰王朝诞生了。
经过七年战争，于阗军队在高昌回鹘和吐蕃的支持下，于公元969年夏历七月攻占喀什噶尔，并扶植了亲于阗的政府，取得了战争第一阶段的胜利。但在此后的很长一段时间里，双方互有胜负，战争呈胶着状态。穆萨·阿尔斯兰汗死后，其子孙继续同于阗作战。公元1006年，经过数十年的征战，喀喇汗王朝的军队终于攻下了于阗城，长期统治于阗的李氏王朝宣告灭亡。
这场战争过后，有着千余年历史的于阗佛教遭到了灭顶之灾，寺院僧房毁坏殆尽，成批僧人被迫改信伊斯兰教。于阗著名的佛教场所，如热瓦克佛寺、安德悦故城、买利克阿瓦提遗址、丹丹乌里克、尼雅等，也都销声匿迹在历史的齿轮碾过之处，再也不见当年的繁盛气象。
随着喀喇汗王朝对于阗的战争取得胜利，伊斯兰教也取代了佛教在这个地区千余年的统治地位。从此，佛教退出了塔里木盆地西部和南部地区。然而在北方，信仰佛教的西州回鹘国王阿斯兰王，对喀喇汗王朝的扩张进行了坚决抵抗，致使伊斯兰教的势力长期未能越过其领地库车一线。
在喀喇汗王朝同于阗王国的战争中，高昌回鹘与于阗结成了战时同盟，加上高昌回鹘人也信奉佛教，引起了喀喇汗王朝的忌恨。于是，灭亡于阗王国后不久，喀喇汗王朝又发动了对高昌回鹘的战争。
高昌回鹘对喀喇汗王朝军队的入侵进行了坚决的反击。双方激战正酣之时，喀喇汗王朝首领病情加重，只得撤兵罢战，这次战争无功而返。此后不久，喀喇汗王朝统治集团内部矛盾加剧，内乱不断，使其无力再次发动对外的战争。至此，伊斯兰教在新疆的第一次传播高潮告一段落。
由于受到了以高昌回鹘王国为代表的佛教势力的坚决抵制，伊斯兰教在新疆境内的传播在很长时期内未再有显著进展，新疆境内形成了伊斯兰教和佛教双峰对峙的宗教格局。
