肯尼迪总统原本要任命弟弟当中情局局长，倒是罗伯特觉得经过猪湾事件之后，最好找一位能为总统提供政治保护的人。考虑了几个月之后，兄弟俩选中艾森豪威尔时期的元老政治家约翰?麦科恩。
麦科恩年近6 旬，是极保守的加州共和党人、虔诚的罗马天主教徒、激昂的反共人士。若1960 年大选是尼克松当选的话，他很可能就是国防部长。二战期间他在西岸从事造船业而发迹，后来当了国防部长福里斯特尔的副手。新设的国防部在1948 年提出的第一份预算，就出自他的手笔。他在朝鲜战争期间担任空军副部长，是让美国真正成为战后第一个全球军事强国的功臣。在艾森豪威尔总统时期，他担任“原子能委员会”主席，负责监督全美核武器工厂，并在国家安全委员会占有一席之地。麦科恩的秘密业务新主管赫尔姆斯形容他“白发、红颜、步伐轻快，穿着笔挺的黑西装，戴着无框眼镜，态度冷漠并且自信满满”。
他的首席行政官雷德?怀特说，新局长“不是人人喜欢的那种人，但是后来和罗伯特?肯尼迪走得很近”。麦科恩起初会跟罗伯特走得近，是因为把他当成同教派人士与反共伙伴的缘故。这位司法部长位于希考利山庄的白色大宅院，距中情局新总部只有几百码，所以罗伯特常在每天上午到市中心的司法部上班途中顺道到中情局，时间通常是在早上8 点麦科恩每日例行的幕僚会议之后。
麦科恩留下的每日记录一丝不苟，这些记录详尽记载了他的工作、想法和谈话，很多是到了2003 和2004 年才解密。他的备忘录上写着他担任局长期间的点点滴滴，连同好几千页由肯尼迪总统秘密录音的白宫谈话。其中有很多也是在2003 与2004 年才转誊为文字，详尽地勾勒出冷战期间最危险的岁月。
麦科恩就职前就试着了解中情局业务全貌，e 他在杜勒斯和比斯尔陪同下走访欧洲，接着又前往马尼拉北部山区度假胜地，出席远东地区工作站站长会议，并埋首案牍细加研究。
不过，杜勒斯和比斯尔还是保留了一些细节。他们认为不适合告诉麦科恩中情局规模最大、历时最长，也是在国内最违法的业务：拆阅往来美国的平信。从1952 年开始，就有长驻纽约国际机场邮政机关的中情局安全官拆开信封，再由安格尔顿手下的反情报人员过滤情报。猪湾事件后暂时搁置的暗杀卡斯特罗计划，杜勒斯和比斯尔也没告诉麦科恩。麦科恩局长过了大约2 年才得知暗杀计划，至于偷拆邮件的事，他则是在全国都知道了之后才略有耳闻。
“猪湾事件”之后，人人都劝肯尼迪总统重建他在就职后废除的秘密行动评核组织。于是，总统的国外情报顾问委员会恢复了。“特别小组”（后来更名为303 委员会）重新建制，监督特勤机关。委员会主席即是随后4 年担任国家安全顾问的麦克乔治?邦迪：他是出身格罗顿和耶鲁的哈佛大学理工学院前院长。委员则包括麦科恩、参联会主席、国防部与国务院高级副主管。尽管如此，一直到肯尼迪政府末期，中情局要不要和特别小组会商，还是取决于秘密行动的主事官。麦科恩和特别小组所知不多或毫无所知的秘密行动不在少数。f
