那么科学究竟是什么呢？其实科学最根本的是方法，不论有多么高深的理论，最终也要用方法加以实现。但几乎很少有人知道，所谓的现代科学方法，它的核心就是逻辑。而逻辑又是什么呢？
你查任何一本辞书，得到的解释都差不多：逻辑就是思维的形式和规律。逻辑这种东西，它是方法，但也是理论哲学，所以黑格尔就将他的一部哲学书定名为《小逻辑》。
从以上的定义里，我们可以得到这样一个认识：既然逻辑只是人脑思维的一种形式，那么它可能是客观的，也可能是不客观的。比如，当我们被火烧伤之后，我们可以得出一个推论：所有的火都可以烧伤人。可是当我们被开水烫伤后，也可以得到一个推论：所有的开水都可以烫伤人。这两个推论都是逻辑，都是我们人类思维的形式。因此，逻辑的本身是主观的，我们是以逻辑为中介，来了解这个世界。
我们举一个例子，假如将一潭湖水比喻成人的大脑，将一块石头比喻成客观事物，当我们将石头抛进湖中后，湖水立刻会掀起一圈圈的波浪，这些波浪就是逻辑，它是对外界石头抛进来的某种反应。其实我们看不到石头，只能感觉到波浪，并且从波浪的大小、强弱等分析抛进来的究竟是什么，也许是块石头，也许是个铁块。
因此，逻辑永远不是客观事物，它只是我们认识客观事物的中介。就好像看电影一样，如果说观众是我们，那戏里讲述的故事或演员就是我们要认识的对象，怎么办呢？我们只能通过银幕这个中间物。但银幕反映的影像并不是真实的，比如说它只是平面的，丢掉了立体感，而且拍摄过程中的许多事情并没有进入银幕。
按照逻辑的规律，人们又把这个世界分为本质和现象两部分，强调从现象去把握本质。然而，什么才是事物的本质？直到今天我们并不清楚。例如，我们把事物归纳成一大堆数字、符号，并将此视为科学的进步，难道数字就是事物的本质吗？如果不是，那么区分本质和现象又有什么意义呢？
其实数字和符号都是人为规定的，在人类早期，所有民族的计算方法都不同，后来才慢慢统一了计算方法，这就如同我们发明时间、空间概念一样，自然界根本没有这两种东西，我们是为了更好地认识，才人为做出了某种限制。因此，逻辑的方法主观性极强，它是把越来越多的规定性强加于客观事物之上。由此可见，建立在逻辑基础上的所谓科学方法，并不能使我们获得“真实”世界的认识，只能提供近似的、不完整的片段。
大科学家、量子力学发明人之一海森堡曾有一句名言：“我们所观察到的，并不是自然的本身，而是因我们提问方法所揭示的自然。”这是对目前认识方法的最有力的否定，因为科学发展到今天，所谓主观客观、唯心、唯物统统被打破，主观的、唯心的研究会越来越多，这才是世界的本质。美国物理学家惠勒曾说：“基本的量子现象只有当它被观察时才是一个现象。”这对那些死板的唯物主义，不啻当头一棒。
我们并非要彻底否定逻辑这种方法，只是想说明它很不完美，自身存在许多缺点，而建立在如此不完美方法之上的科学，也会存在许多先天不足，如果将科学视为唯一正确的方法，并用科学来界定其他方法，那是对人类的最大反动，是对人类的犯罪。
有人一看见批判现代科学就急，他们会伤心地说：没有了现代科学的方法，我们怎么去认识世界？其实天塌不下来，这个世界从来就没有什么救世主，一切都得靠我们自己。假如没有了现代科学，人类肯定会从另外的角度去认识世界。我们在此批判现代科学，正是想借此提倡另外一种方法，那就是源于东方的“天人合一”。
