有意思的是，满清朝廷为此专门传谕天下：“如果有人报告真太子的行迹，朝廷必加恩养。报告之人必给重赏。”可当满清镇压了各地的明朝残余，坐稳江山后，将原先“恩养”在北京的十几个明朝藩王全部残杀。清朝对明朝皇室进行了“大清洗”，也就没有人相信朝廷所谓“恩养太子”的承诺了。
就是北京冒出一个太子的同时，南方明朝残余势力拥戴福王朱由淞建立的南明王朝也出了一个“太子案”。有一个年轻人在东南一带自称是南逃的太子朱慈烺。接到消息后，南明政权面临的第一个问题也是“辨认真伪”。朱由淞接到报告，派曾在紫禁城当过差的太监李继周去迎接朱慈烺。李继周觉得朱慈烺很眼熟，气度不凡，就跪下叩头：“奴才给小爷叩头。”朱慈烺问他：“我虽认得你，但忘了姓名。”李继周忙报上姓名和来意，要迎接朱慈烺去南京。朱慈烺再问：“迎我进京，让皇帝与我做否？”李继周实话实说：“此事哪是我等奴才所能知晓的！”1645年3月2日，朱由淞面谕群臣说：“有一稚子自称是先帝太子。如果真的是先帝之子，那么也是朕之子，定当抚养优恤，不能让他受委屈了。”注意，朱由淞一开始就给整个“太子案”定了基调。首先，这个朱慈烺“自称”是太子，真假莫辨；其次，即使这个朱慈烺是真太子，那也不能当皇帝。南明朝廷会好好养着他。朱由淞接着派了南下的两个太监先去辨别真伪。两个太监一见朱慈烺，立即上去抱住痛哭。他们看到朱慈烺衣服单薄，还脱下自己的衣服给他披上。朱由淞知道后，下令将这两个太监打死，同时赐李继周“自尽”。可南京老百姓普遍认为这是真太子，纷纷要求太子登基称帝。
朱由淞当然不愿意让出皇位了，采取了“拖延”战术，开始了冗长的真伪辨认过程。南明官员们纷纷前往探视朱慈烺，或递送名帖。但对于太子的真伪，大家莫衷一是。朱由淞怕夜长梦多，下令将朱慈烺移到宫中严加看管。他再召集元勋显贵和大学士马士英等人商量如何了结此事。马士英迎合朱由淞的意思，当即认为朱慈烺是假太子，还提出了三个疑点：一，太子逃离北京后为什么不来陪都南京，反而在杭州苏州一带游荡；二，听闻太子严肃凝重，不善言语，但此人善于机辩；三，北京的满清朝廷也正在审理“太子案”，还不知道真伪。马士英极力主张南京的朱慈烺是假的，进一步建议弘光帝询问朱慈烺永、定二王的生辰及宫中制度，同时找出曾教过太子的方拱乾、李景濂、刘正宗等人前去“会审”。最后的审问开始后，这个朱慈烺对着紫禁城地图，一一指出了各宫由何人居住。一个官员突然问：“公主现在在哪里？”朱慈烺回答：“不知道，想必死了吧。”方拱乾、李景濂、刘正宗出现后，朱慈烺只认识方拱乾。方拱乾就问他当年讲课的场所，授课的内容。结果朱慈烺都答错了。又有官员问朱慈烺嘉定伯（周奎）的姓名，朱慈烺拒绝回答。最后，大学士王铎认为眼前的朱慈烺是假冒的，得到了众人的附和。在场的通政司杨维垣出面指认眼前的朱慈烺是已故驸马都尉王昺的侄孙王之明。于是众人以奸人假冒太子结案。朝廷随即布告天下，“以正视听”。
南明太子案的审理同样疑点重重，结案后引起各地官员和百姓一片哗然。南明王朝本来根基就不稳，地方藩镇将领手握重兵，对朝廷虎视眈眈。现在太子被判定为假太子，早对马士英不满的武汉藩镇左良玉称奉太子密诏率部救难，进攻南京，要杀马士英。南明朝廷乱成了一团。清军大举南下，五月十日弘光帝出逃。十一日，南京百姓数百人砸开监狱，救出朱慈烺，给他披上演戏用的龙袍，拥他做皇帝。这个朱慈烺还真的进入皇宫做起了皇帝，接受臣民的朝贺，还向南京内外发号施令，很有那么回事。可惜他只在乱哄哄中做了五天皇帝，就被攻入南京的清军抓住了。不久，逃亡的朱由淞也被抓住，押回南京与朱慈烺“团聚”，两人一起在北京被处死。
