但遗憾的是授勋工作在具体实施时有了一些变动，未能按原计划进行。一是现役军人的勋章、奖章，一直颁发到1957年。主要原因是授勋工作审批程序和政审非常严格，特别是评定勋章种类、等级工作非常细致、复杂，由于历史的条件所限，尤其是红军时期，干部档案制度尚不够健全，一些干部战争时期的任职在档案记载上不够明确，有时需要当年的上下级或同级来证明，并且在职务的计算上有所变动，比过去规定较严格。如：红军时期后勤机关的科长一级，以前一般按营级计算，现在一般改按连级计算；抗日战争时期的旅供给处副处长、旅卫生处副处长以前一般按团级计算，现在一般改按营级计算；解放战争时期的军卫生部副部长、军供给部副部长以前一般按师级计算，现在一般改按团级计算等。这就给评定勋章增加了难度，也是造成分批公布授勋人员名单的一个重要原因。如邓华上将1955年被授予一级独立自由勋章和一级解放勋章，但直到1957年，才被授予一级八一勋章。二是第一期完成后，第二期因故没能按计划实施，绝大多数转业到地方工作的军人没有荣获勋章、奖章。主要是因为这批人员人数多，人员变动大，情况比较复杂，再加上全党当时开始了反右运动，因而授勋工作遇到了很大困难，也很难再开展下去。为此，毛主席提出了已转业到地方工作的人员不再授予勋章，并带头不要勋章。在这种情况下，预留给毛泽东、周恩来、刘少奇尾数编号为001、002、003的三个一级勋章因故未能正式颁发出去，出现了我军第一元帅朱德首先获得的勋章和证书尾数编号均为004号的现象。
说起勋章证书的编号，这里顺便再提一下，十大元帅之首的朱德勋章证书是第4号，排在朱德之后的第二位元帅彭德怀勋章证书总该是第5号了吧。不然，彭老总的证书号码是006号。那么朱、彭两位老总中间的005号是给谁的呢？有种种猜测，但没见到正式文字记载。有人分析有可能是程潜。作为起义将领代表人物的程潜将军，早年参加过辛亥革命，是国民党军政界元老级人物。考虑到他的号召力和影响，新中国成立之初，任命他为中央人民政府人民革命军事委员会五位副主席之一（主席和其他四位副主席为毛、朱、刘、周、彭）。因此，很有可能005号勋章和证书是预留给程潜将军的。另外，陈毅元帅勋章证书是010号，在他与彭德怀之间第7、8、9号，显然应该是林、刘、贺三位元帅。按元帅的排名，陈毅之后是罗荣桓。但011号勋章证书得主并不是罗荣桓元帅，罗、徐、聂、叶四帅勋章证书分别为012、013、014、015号。011号勋章显然是给中央军委委员邓小平预留的，他在中央军委委员的排名即是在陈、罗之间。
除当时已转业到地方符合授勋条件人员不再授勋外，从1958年到1965年由地方又回军队任职并被授予少将以上军衔的高级将领，经毛主席和中央军委同意，也不再授予勋章。这些人当中，除极个别将领1988年时还健在并属于军队离休干部的，有幸获得了一枚红星功勋荣誉章或独立功勋荣誉章，也算是一种补偿吧。
