几星期以后的10月16日，此时任外相的广田弘毅正式指责美国在发起反日阵线。他告诉格鲁，对日本进行经济制裁并不能阻止在中国的战争，只会鼓励中国人延长敌视日本的时日。广田说，一直到此时，日本还觉得美国是唯一公正的国家，会帮助实现和平，如同西奥多?罗斯福在日俄战争时做的那样。
三天以后，日本占领苏州，打通了通往南京和上海的道路。12月12日，即南京陷落的前夕，日本海军航空兵炸沉在长江里的明显可以看出挂着美国国旗的炮舰帕内伊号，使日本与美国和英国的关系几乎破裂。在此之前一星期，由桥本钦五郎大佐（樱花会创始人）指挥的炮兵团轰击了英国炮舰瓢虫号并俘获该舰。
这些事件，重新燃起了罗斯福总统的对侵略者实行“隔离”的希望。他召见英国驻华盛顿大使罗纳德?林赛爵士，建议两国联合对日本进行海上封锁，切断日本的原料来源。林赛抗议说，这样的“隔离”政策会导致战争。他在给伦敦的电报中说，他“感到惊愕后所提出的批评没有给总统留下什么印象”。第二天，12月17日，罗斯福向内阁概述了他的“隔离”计划。他的决心在他收到海军从上海发来的一份报告后，更加坚定了。该报告说，对帕内伊号的攻击是肆无忌惮的。更重要的是，海军情报部门截收到并破译了一份给日本联合舰队的密电，表明这次攻击是由日本航空母舰加贺号上的一名军官事先策划的。
在东京，近卫政府和英美一样对帕内伊号和瓢虫号事件感到苦恼。外相广田给格鲁大使发了照会，表示遗憾，并提出赔偿帕内伊号的全部损失。广田以卑下的口气表示说：“我的处境很困难。事态发展出乎意外。”
日本海军司令部解除加贺号舰长的职务以示不赞成轰炸帕内伊号。
“我们这样做是为了让陆军仿效我们，解除桥本的职务。”海军次官山本五十六中将说。山本中将曾在美国待过相当长时间，了解美国的潜力，所以他丝毫不想与美国舰队开战。
在12月25日圣诞节那天，华盛顿正式接受了日本的道歉（格鲁说，日本的道歉在那天抵达是一种“高明的”安排），这次事件总算完结。尽管日本陆军拒绝按山本的建议解除桥本职务，英国还是宽容地接受了日本就攻击瓢虫号做出的道歉。桥本连责备都没有受到。他仍被准许率部进击南京。
到12月间日军进入南京市时，所有抵抗都停止了。日军司令官松井石根大将在离开日本时曾说过：“本人此次赴前线井非去同敌人打仗，而是带着安慰兄弟的心情前去的。”入南京后，他便下令日军“发扬日本的荣誉和光辉，加深中国人民的信赖”，“尽可能地保护和施恩于中国官民”。
然而，日军进城后，烧杀掳掠，奸淫妇女无所不为。据目击者称，日军追杀男女老幼就如同“追捕兔子一样；只要看见还会动的人，他们就开枪射击”。甚至与日本友好的德国人在一篇官方报告中，也谴责日本军队是“兽性的机器”。
直到松井大将得意洋洋地进城后，他才知道“违反军纪和道德败坏的行为”。他下令严格遵守以前下达的命令，“保证不再犯任何有损荣誉的行为”。他宣布：“现在太阳旗在南京上空飘扬，皇道在扬子江南闪耀着光辉，复兴的曙光即将来临。在此我衷心希望四万万中国人重新考虑。”松井回上海，不料一个星期后又听到纷纷传说“不法行为仍有发生”。他在写给南京日军指挥官的信中说：“必须严惩一切犯有不法行为者。”
但是，日军的暴行又延续了一个月。三分之一的城市淹没在火海中；两万多正值兵役年龄的男青年，被押至城外，用刺刀或机枪全部杀光。许多妇女、少女被奸污、杀戮和肢解。无数年纪稍大的居民遭到抢劫和枪杀。一个月后，至少有二十万甚至三十万平民被屠杀。
为什么要对一个被日本人认为是自己的文化发祥地的国家（他们的罗马和希腊）施以如此灭绝人寰的野蛮暴行？任何一国军队的军人在外国的国土上失去控制后做出他们在国内决不敢犯的野蛮行为，这是可以理解的，但这也无法说明日军暴行的规模和严重程度。这些暴行只能是在某些比
在国内，关于南京暴行的情况，近卫首相知道的比德国人还少。然而，他心下明白，尽管征服了大片地区，但这并不意味着胜利在即，而是越来越深地陷入泥潭。近卫是个独特的人—出身虽是贵族，内心却是“社会主义”的。他的外表虽说不是软弱，却显得宽厚、腼腆和无力。在那些最了解他的人看来，他为人极其高雅，兴趣广泛，看问题客观，能以同情的态度倾听各种不同政治信仰的人的意见。事实上，他倾听时表现出的同情使每个人都以为近卫同意自己的意见。为了做出某项决定，他常常要花费很长的时间，因为他首先要了解问题的各个方面。不过，一旦做出决定，几乎再也没有办法使他改变。他的私人秘书牛场友彦回忆道：“他简直是不可动摇的。”近卫崇拜的人物寥寥无几，其中之一是鲍尔弗勋爵［1］。鲍尔弗勋爵曾被人们认为不具备当首相的条件，但当上首相后，他却表现出很有决断，很有效率，毫无疑问，近卫是想做日本的鲍尔弗。
