5月23日，在开普勒发现第三公理的8天之后，一百多名贵族新教徒强行进入鲁道夫宫廷的大臣府，抗议鲁道夫收回了“圣信”——保证省区的宗教宽容政策，以及鲁道夫的哈布斯堡继承人对波希米亚兄弟会教堂的镇压，这所教堂是扬 · 胡斯① 用生命为代价建立起来的。他们表达虔诚的方式很简单，就是抓住两个信奉天主教的摄政大臣加洛斯拉夫 · 波利塔 · 兹 · 马提尼和维莱姆 · 斯拉瓦塔，把他们和他俩的秘书菲利普 · 法布利修从大臣府的东窗扔了出去。这三个人死死地抓着窗台，运动领袖图伦伯爵用剑柄敲击他们的手指，直到他们松开手。这些替罪羊还算幸运，窗外就是时常漂浮下水垃圾的护城河，他们都掉在了柔软的河床上。正如每个中学生都知道的那样，这就是布拉格的第二次自卫战“三十年战争”的开端。① 第二年，皇帝马提亚去世，皇位传给侄子费迪南二世，他是耶稣会士的顽固追随者，曾于1600年亲自下令将开普勒及其他新教徒一同驱逐出格拉茨。这立时引起波希米亚地区的叛乱，他们推举巴拉丁选帝侯腓特烈五世做波希米亚国王。1613年，腓特烈娶了英国王室詹姆斯的女儿伊丽莎白公主。欧洲对这对“仿佛莎士比亚戏剧男女主人公”的绝配寄予厚望。①他们住在海德尔堡那座童话般的城堡里，“有花园、岩洞、流水弹奏的风琴和会唱歌的雕像”，此处堪与鲁道夫的荷拉德卡尼宫相媲美，是“17世纪发达文明的集中地”。伊丽莎白是一个知识渊博的年轻女人② ，英国大使说她的丈夫是一个“具有超乎其年龄的虔诚、聪慧、活跃且勇敢的人”。这对夫妻仔细地讨论波希米亚国王加冕的问题，与坎特伯雷大主教和腓特烈的母亲磋商，大主教极力主张接受加冕，而腓特烈的母亲却恳求他拒绝。不过，腓特烈是个热忱的新教徒，他认为自己受到了上帝的呼召，便于1619年9月27日携伊丽莎白及长子亨利王子出发赶赴布拉格。欧洲大部分新教徒欢喜非常，英国认为“世界上唯一的完人”女王伊丽莎白一世的时代即将回来。这对夫妇在圣维特大教堂举行了加冕典礼，弗兰克斯 · 叶提斯说这是“由波希米亚教堂举办的最后一个盛大仪式”。
波希米亚相信新选的国王和王后将成为国家自治和宗教自由的救星，在鲁道夫神秘加魔力的统治时期，自治和自由就是他们的唯一渴望。不过，波希米亚人犯了一个极为严重的错误。他们太信任伊丽莎白的父亲、英国国王詹姆斯了，他们相信他会维护他们的目标，如果有必要，甚至会采取武力支持。可詹姆斯却因害怕哈布斯堡而反对波希米亚的冒险行为，他藏在幕后，否认女儿及其丈夫同他的关系。德意志的新教徒诸侯也无法前来提供波希米亚人所期望的支持。与此同时，天主教开始集结兵力，1620年11月8日，在布拉格市外的比拉 · 赫拉地区，腓特烈的军队在白山战役中被彻底击败。“冬之王”带着妻子逃回海牙。溃退之后，哈布斯堡王朝迫不及待地对波希米亚的新教徒进行残酷的报复。第二年的6月21日早晨，27位捷克新教徒领袖，包括贵族、骑士和平民，在布拉格的老城广场被处以斩首，执行官是扬 · 米迪拉。当天受刑的就有善良的老扬 · 杰森斯基，他是鲁道夫的医生、后任布拉格大学校长，曾为开普勒与第谷 · 布拉厄的协议做仲裁。27位牺牲者的头颅用钉子钉挂在查理桥上，一直挂了10年，直到1631年瑞典军队攻入布拉格——布拉厄的斯堪的纳维亚人的心脏可以因此而涌荡自豪吧——瑞典人才把他们移到提尼教堂埋葬了。里佩利诺在《神奇的布拉格》一书中，描述那个可怕的日子，说它是这个城市几个世纪的悲惨象征，他对执行官米迪拉尤为愤怒，诅咒他当下地狱：“让火吞了他，让火吞了他!”
在生命的最后几年，开普勒在惨遭战乱的南欧四处奔走，他先向符腾堡公爵求助，但因宗教立场问题遭到拒绝，随后，较为成功地从波希米亚将军、费德兰和梅科伦堡公爵、萨根王子阿尔伯特 · 沃雷斯登处获得支持。在抵抗由丹麦克里斯丁四世领导的北部德意志人的入侵战争时，此人曾取得赫赫战功——第谷在地下一定会感觉不太痛快——还是这个人，对鲁道夫皇帝痴迷的占星术也深信不疑。1628年，沃雷斯登用种种条件诱惑开普勒到萨根来，承诺为他提供一套房子和一年1000弗罗林的薪水，帮他出版著作，以此酬谢他接受做将军的占星家的职位。能出版著作真是再好不过了，甚至在和平时期出书都是极为困难的事。开普勒有一个可爱的小东西，他最后决定把它交付出版，这就是《幻游》，世界上第一本科学虚构小说，28页纸写的是一次月球幻游记。在小说中，叙述者参观尤兰尼堡，学习丹麦语，目的是与第谷及其助手们对话，游历月球结束后，他描述了从月球上观看地球和其他行星的样子。
