此后的18个月里，第谷和等待他抚养扶助的家人生活在动荡不安中。在此期间，第谷花费大量精力试图获得克里斯丁的好感与照顾，却毫不奏效。最终，第谷对祖国完全失望了，他开始转而关注布拉格，它是欧洲地理和政治的皇权中心。他以前和鲁道夫的宫廷内侍及贴身顾问们有过接触，知道鲁道夫皇帝对科学和神秘艺术感兴趣。最终，1599年夏天，皇帝传其入宫的圣旨来到，第谷及其随从动身赶往南方，在哈布斯堡，布拉厄家族坐上了一辆辉煌的“新车”。看起来似乎晴空万里，第谷对未来满怀新的希望与期待。然而，这时发生了一件不祥的事，一天夜里，第谷豢养的一头爱畜麋鹿在城堡附近漫步时，发现了一条通往楼顶的路，它在楼板上喝到一盘啤酒，结果喝醉了，一下子从楼梯上跌下来，摔断了脖子。第谷失去了心爱的动物，大为伤心，也许就像鲁道夫从非洲狮之死中所领受的一样，第谷也从这次事故中看到了死亡的阴影。像当时的许多人一样，甚至包括受过教育的人，第谷也很迷信，据加桑迪的说法，他异常害怕代表不祥的兔子和老女人，无疑，麋鹿之死让他深受刺激。
不过，布拉格的欢迎会还是大大满足了他的期望。7月初，他到达布拉格，可能就寄住在位于诺维 · 斯维特（“新世界”大街）的格里芬客栈①，它坐落在荷拉德卡尼城堡旁边，距皇宫很近。当然，身为贵族的第谷不会在一个小客栈里驻留太久的，况且，从附近的卡布沁修道院传来的钟声也让他时时感到头疼。他表达得很清楚，他迫切需要一个宽敞的地方来安置他从哈汶岛带来的庞大的观测仪器。他来到布拉格市的第一天，就在宫廷花园中受到鲁道夫私人秘书约翰尼 · 巴威兹的欢迎，对方语气温和地向他致意，并传达了皇帝对他的问候。几天后，他受到鲁道夫本人的亲自接见。第谷在信中向他那位声名狼藉的表兄弟腓特烈 · 罗森格兰兹② 描述了这一光荣时刻，极现骄傲之色。鲁道夫在私邸接见他，这当然是特殊礼遇的标志，“他背对一张桌子，坐在房间的长凳上，除我们之外，别无他人……甚至连一个随身的侍从都没有”。不过，尽管第谷可以把皇帝的单独召见渲染为一种特殊的礼遇，他还是细心地指出，这种出现在皇家内室无人相扰的情况与皇宫外面的纷扰正成对比，求见者和侍卫的缺席是基于这样一个事实，此时城里正是瘟疫肆虐之际，人们认为有些城堡的守卫队也被传染上了，而且，众所周知，鲁道夫是一个不可救药的忧郁症患者。第谷用拉丁语交谈，他还呈递上科隆主教和梅克伦堡公爵的引荐信，鲁道夫仁慈大度地没有打断他的谈话去读信，“这种宽容让我不由得将信上的内容说得更加详细，要知道，就当时而言，我的到来对于他来说是相当合宜的，他答应支持我和我的研究工作，他说的时候，带着友好的微笑，这让他的整个脸庞闪动着仁慈的光辉”。这个老天真那天的心情一定好得不得了。在信的第二段，他描述这个时刻是安详从容的：“我无法听清他说的每一句话，因为他的语调真是太轻柔了。”不妨想象一下他们当时所处的场景，在酷暑难耐的盛夏，在低语的房间，皇帝坐在长凳上，眼睛总是湿润润的，下巴低垂，对面是那个身材高大、眼神火热的金发碧眼的丹麦人，留着两撇黑胡子，戴着流行的皱领和一只闪光的金属鼻甲。
接见结束时，第谷从房子里退出来，秘书巴威兹被皇帝召进去谈话。他后来转告第谷，那位从不错过任何事的皇帝曾从窗口俯瞰他到达城堡，这位目光锐利的收藏家想知道那个附加在他的马车车厢上的机械装置是什么。那东西看起来很像一种计程表，是第谷自己设计制作的。第谷让他的儿子把那个东西送到宫中，巴威兹把它拿到了皇帝的房间，过了一会儿，他出来说，他的主人也有一两个类似的装置设备，不过，当然了，不像这个这么大，制作方式也不一样。第谷立刻要把它当做礼物呈送，但鲁道夫却说他只要一个按照第谷的设计制作的成品就满足了。巴威兹也向第谷保证说，皇帝对他是极为看重的，他决定为他提供年金，并为他和家人提供合适的住处。第谷欣喜不已，终于有一位皇帝知道如何对待一个天才人物了。
