但是，无论如何，蒋介石取缔新四军的做法，使毛泽东相信，必须要做破裂的准备。他明确得出结论说：“现在已经不是打退反共高潮问题，而是根本破裂问题，已不是增兵威胁问题，而是如何推翻蒋介石统治问题，因为蒋介石已把我们推到和他完全对立的地位，一切已无话可说了”，“现在这样的国共关系，已对我们、对革命没有任何利益”，“我们须准备对付全面破裂”。正因为如此，中共中央政治局于1月29日专门就此通过了决议，态度上虽稍有缓?，也肯定了日蒋尚未公开妥协，国共关系目前未完全破裂，但决议的主旨已经为破裂埋下了伏笔。它明确告诫全党：我们对以蒋介石为首的国民党过去那种一面斗争一面联合的两面政策，现在已经不适用了，“对于他们，我们现在已不得不放弃联合政策，采取单一的斗争政策”了。
皖南剿共顺利得手，并一举歼灭新四军军部，实出蒋介石之意外。观察蒋6日令，他对所谓“剿灭黄河以南匪军”不仅没有十分把握，而且担心各部队会像前此历次冲突一样，反为中共所乘。故蒋令当时还再三叮咛负责将领，要“以游击战要领避难就易避实就虚”地进行作战，万勿因指挥失误而影响大局。新四军军部被歼，新四军军长被捉，何应钦、白崇禧等军事领导人力主乘机取消新四军番号，再加上一月前美英两国刚刚宣布向中国提供大笔援助贷款，美国总统罗斯福于11月30日正式宣布向华贷款1亿美元，英国政府随后也于12月10日宣布对华贷款5000万英镑。见秦孝仪主编，《中华民国重要史料初编》第三编（一），台北：中国国民党中央委员会党史委员会，1981年，第122－125、285页。，苏联也刚派来军事总顾问并陆续提供大批飞机，因此，他这时对各方反应也颇为自信，估计除苏联可能反应强烈些外，“此事对内、对外与对敌国皆可发生有效而良好之反响也”。
发动剿灭黄河以南中共军队的计划，主要是国民党内军事领导人鼓动和坚持的结果，国民党内多数高层干部甚至始终被蒙在鼓中。因此，事变发生之后，事变期间一直紧张地在蒋介石与周恩来之间担任联络的张冲，当着周恩来的面唉声叹气，表示“没有脸见人”。宋庆龄等联名上书蒋介石和国民党中央，痛切陈词。冯玉祥转告中共代表，暗示同情，并断言此定为何应钦之阴谋。孙科得知消息后，虽对人表示他对此不能有所作为，但也深表忧虑与愤慨。在1月16日讨论处置新四军问题的?政各机关专门会议上，文职官员与军事领导人明显地发生意见分歧。直至准备发布取消新四军命令的当天上午，王世杰还赶赴蒋介石的寓所，恳切说明如此公开处置，不仅有促成大规模内战之危险，而且对有关援助国之观感及沦陷区人心均不免有重要的负面影响。
