在阿里巴巴乃至整个中国互联网产业慢慢恢复元气的过程中，发生了一个意外，就是2003年的“非典”。
“非典”给企业带来两重困惑：一是“非典”对海内外商务人士造成了极大的心理恐慌，一些企业面临海外订单取消或推迟执行的影响，极大影响了业务；二是在非典的阴影下，各个公司的业务人员都不敢出差，各地展会停办，许多产品的市场推广处于停滞状态。最严峻的是，这场“非典”风暴究竟何时能结束谁都不知道。如果一个企业的销售渠道被阻几个月，其损失将无法估量。
有专家认为，可以从几方面来削弱不利因素的影响：第一，上网做生意；第二，利用在海外的分支机构或派驻代表，在国内人员无法流动的情况下，依靠在海外的工作人员来参加相关的展会及交易会；第三，与国际采购商在中国内地的代表及办事处加强联系，通过他们来开拓业务。
上网做生意！这真是点破迷雾。可能对大多数中小企业来说，这三条出路中，后两条由于本身实力原因很难做到，而上网做生意应该是这个非常时期最为安全的救市良方，对他们来说，网上贸易在这个时候是最可依赖获得订单的手段。而另一方面，越来越多的人选择待在家里上网购物，也使得零售网站的网上订单迅速增加。
“非典”的发生，无意中掀起了电子商务热潮。“非典”爆发以后，网上贸易出现了大幅增长的局面，面对个人和企业的电子商务网站都热闹非凡。
根据当时《北京娱乐信报》的报道，“非典”期间，易趣网平均每天的交易额近200万元，除84消毒液、口罩、保健药品依然保持稳定的交易量外，PC等IT产品也成为网上交易的热门产品。
来自北京金恒生科技发展公司网站的数据显示，自2003年4月中旬以来，网上订购计算机的消费者比2002年同期增长了60倍。这无疑与北京现在很多人居家办公、学校放假教师和学生通过电子邮件或者学校网页进行沟通，对PC需求陡增，促使他们都不约而同地采用了网上订购的方式有关。而有的计算机公司，即便是网上交易，为确保消费者安全，他们在送货及安装调试时，要求员工口罩、手套、脚套全副武装，计算机进门前消毒，严把“非典”关。
与此同时，杀毒软件厂商也一改传统的营销模式，纷纷开发在线杀毒和免费下载杀毒。据瑞星副总裁毛一丁说，瑞星的在线杀毒成绩斐然，于是，瑞星“乘胜追击”推出下载版杀毒，也就是网上下载，按月通过手机短信订购升级，真正由传统的销售向网上销售过渡。
阿里巴巴网站“非典”期间的季度统计数据也可以反映这一动态：
新增会员数比上一季度增长50％。
每日新增商业机会数达到9000~12000万条，比上一年增长3倍。
国际采购商对商业机会的反馈数比上一季度增长一倍。
国际采购商对30种热门中国商品的检索数增长4倍。
中国供应商客户数比去年同期增长两倍。
以下是阿里巴巴平台上两个鲜活的案例，记载在2003年6月的《青年时报》上：慈溪市海兴轴承有限公司是一家专业生产轴承的企业，在遭遇“非典”后，公司通过电子商务寻找商机、拓展贸易。5月11日，通过电子商务，公司谈妥了一笔300万元的订单。
5月过去还不到10天，以出口为主的温州五洲集团有限公司在网上完成了10多万美元的交易，而在2001年到今年3月的27个月里，集团平均每月在网上的交易仅六七万美元。出现较明显的增长是从刚刚过去的4月份开始的。原杭州市市长茅临生亲眼目睹了“非典”的巨大影响和电子商务的崛起，“非典”期间，他发了一封电子邮件给马云，邮件中这样写道，“4月30日，我们在阿里巴巴短短一个小时的调研考察，看到全球的外贸企业通过网络运作，订单像雪片似的飞来。加上其他电子商务企业的调研，这也进一步印证了我的想法：在 非典 时期，人可以不见面，但生意可以照做，这个媒介就是网络，就是信息化的手段。”
