《马关条约》、庚子赔款，给清政府带来了财政的极度困难，却给票号带来了业务的畸形繁荣。山西票号积极通过资金融通，解救清政府的财政危机，自身在社会上的地位由红发紫，利润也高得惊人。以大德通票号为例，1888年每股分红850两，而1900年则为4024两，扩大4.7倍，到1908年每股分红1700两，是甲午战争前的20倍。
通过支持清政府的财政获得高额利润是晋商的拿手好戏。早在清初，山西商人就开始以捐输的名义换取政府的支持。清政府捐输的名堂很多，数量也很大，因为山西商人富名在外，所以山西是全国捐输最多的一个省。如1759年（清乾隆二十四年），伊犁屯田，山西盐商等捐输银20万两，以备屯饷；1773年（清乾隆三十八年）金川用兵，太原等府州捐输运本银110万两；1792年（清乾隆五十七年）后藏用兵，山西盐商等捐输银50万两；嘉庆年间川楚用兵，山西盐商等捐输银100万两；1800年（清嘉庆五年）山西捐输银一百四五十万两。《清仁宗实录》记载：嘉庆时“晋省摊捐款项繁多，……统计每年摊捐银八万二千多两”。咸丰初，管理户部事务山西人祁隽藻上奏称：“自咸丰二年二月起，截止三年正月止，绅商士民捐输银数，则山西、陕西、四川三省最多。山西共计捐银一百五十九万九千三百余两”。山西商民捐银占全国捐银的37%，为全国捐输之首。1864年（清同治三年），又因新疆用兵，筹饷银，解运难，山陕商人又在新疆地方兑充大量军饷。清人徐继畲说：“晋省前后捐输五六次，数逾千万”。
给政府垫借款是晋商缓解当局财政困难的又一方面。大体上从同治开始，各省及税关应解京协饷，往往因款项不备，常由山西票号借支垫汇。如粤海关1864年、1865年（清同治三年、四年）上解京饷不备，在这两年中，分别由山西票号垫借总额的18%和27%。1866年，广东省财政拮据，由山西票号借垫汇解京饷15万两，占该省应汇解京饷的21%。1894年（清光绪二十年），清户部因财政拮据，分别向京都、汉口、广东的山西票号借银124万两。
庚子事变，慈禧太后挟光绪帝逃出北京，在外逃期间，开支费用一时无有着落，相当困难，又由山西票号借给清廷银40万两，帮助清廷渡过了难关。在此期间，慈禧太后住大德通票号，随驾大臣董福祥则住在协同庆票号，其他人员亦都由票号安置下榻。同时，光绪皇帝传旨，令各省解京饷款，改电汇山西票号老庄——平遥、祁县、太谷。顿时山西平、祁、太票号总号成了清廷总出纳。
1901年9月，李鸿章全权代表清政府与外国侵略者签订了卖国投降的《辛丑条约》，其中规定付给各国战争赔款白银45000万两，年息四厘，分39年还清，本息共计98223万两。清政府为支付赔款，除从国家财政收入中腾挪出一部分款项外，其余则全部摊派各省，要求各省按年分月汇解上海集中，以便交付西方列强。庞大的赔款汇解、垫借汇兑，为票号增加了新的业务。同时也把票号与清政府的关系推向了一个更加密切的阶段。
票号在办理如此庞大的公款汇兑中，手中经常川流大量资金，利用收汇交汇的时差，占有大量存款和在途款项。据1906年（清光绪三十二年）度支部在京各金融机构存款看，仅存大德通、大德恒、义善源、存义公几家票号的款项即达2064596两，占度支部在外存款的30%，而存入国家银行——大清银行的为61%，外国银行8%。票号并且吸收生息银两，仅商部在上海合盛元票号就有53万余两。由于票号有如此巨大的存款，不仅可以承办巨额汇兑和垫汇，同时又对政府放款。清中央政府及地方各级政府究竟在票号借款若干，无法稽考。但有一件事很说明问题。1911年10月，度支部大臣绍英向内阁大臣袁世凯请示，准备向京师各山西票庄再借银500万两时，山西各票号都担心“前欠各号之款已逾七百余万，归还尚无着落”，而不敢应允。
