在信长死后，毛利辉元非常谨慎地不卷入天下争霸的斗争中。天正十一年（1583），羽柴秀吉与柴田胜家在贱岳决战，争夺天下，双方都极力争取毛利的加盟。但毛利辉元经过慎重考虑，决定保持中立。战后，毛利辉元见天下大势已定，羽柴秀吉即将成为天下之主，就加入了羽柴的阵容，参加了天正十三年（1585）开始的四国、九州征伐。秀吉建立丰臣政权以后，毛利辉元也因此而获得了丰臣政权对其中国地区120万石的封地的承认。毛利辉元与叔父小早川隆景也成为丰臣政权的五大老中的两位。天正十九年（1591），此后毛利家从吉田郡山城迁入广岛城，成为中国地区和北九州最显赫的势力。毛利家还派出了3万大军参加了侵入朝鲜的“文禄·庆长之役”（1592-1598）。
丰臣秀吉死后，日本再度陷入天下争霸的局面。谨慎的毛利辉元这一次却无法幸免，被卷进了著名的关原大战中。庆长五年（1600），石田三成与德川家康开始争夺天下，前者为对抗家康的强大武力，决定拉拢拥有雄厚实力的中国毛利家。在安国寺惠琼的劝说下，毛利辉元接受成为名义上的西军总大将，与德川家康为首的东军对抗。可惜在关原大战中，西军一败涂地，夺取了天下的家康追究毛利家作为西军首领的责任，毛利辉元虽然不像石田三成那样结局悲惨，却也被大大减封，仅仅留下周防和长门两国的领土，毛利家的兴起之地安艺也被剥夺。毛利家于庆长九年（1604）迁居到长门国的萩城，从此，成为江户幕府下的长州藩。
长州藩直到近代才再一次被人们所瞩目，作为幕末四藩之一的长州藩人才辈出，吉田松荫、高杉晋作、伊藤博文、山县有朋等明治维新的先驱者以及重臣都出自长州藩。长州藩因此成为维新的源流地，甚至在近代，形成了日本政界中有名的“长州阀”。毛利元就泉下有知，或许也会引以为傲吧。
笔者云：尼子为战国“下克上”之先驱，虽未名列“三大枭雄”，事业亦蔚为可观。然其族内自经久之后，再无力挽狂澜之人。毛利则赖有智将元就，先灭大内，后吞尼子，遂成霸业。虽曰天时，亦因人和。惜乎元就卒年过早，若代信长而得天下，岂非别有天地欤？〖3〗〖3〗第五章天与地〖3〗第五章天与地
比较人物格局及事业的大小，显然信玄胜过谦信，但谈到魅力这一点，我则认为谦信较多。武田信玄太无懈可击，他总是精密地算计，准备永远赢得成功，他最大的缺点是用心太过。与之相反，谦信是一辈子都在冒险边缘的人，他那飒爽的男性气概令人佩服。
