在石山合战爆发的同时，朝仓和浅井又一次南下，他们这次的目标是宇佐山城。正在应付石山御坊的信长猝不及防，只好留下柴田胜家与和田惟政两人断后，并匆忙赶回京都。虽然如此，朝仓和浅井还是以最快的速度攻克了宇佐山城，同时攻入近畿地区大肆放火，森可成战死。森可成是信长的亲信之一，他的死对信长是很大的打击。恼羞成怒的信长再次出兵，在比山布阵，要求延历寺方面给予支援。在遭到拒绝后，信长切断了朝仓的后路，十一月二十六日，双方再度发生接触战，信长一方没有占到半点便宜，而且损失惨重。不过朝仓并不想和信长再次决战，他们急着回家，所以信长搬出足利义昭来，以征夷大将军的名义进行调停。朝仓以牺牲浅井家的利益为条件，把江北的三分之二划给了信长，换回了一条回家的通道。这使浅井直接面对信长军队的骚扰，不过朝仓管不了那么多，他们素来只注重眼前的利益。所以信长又一次幸运地占了便宜，但这个便宜占得苦涩之至。
十一月，由于长岛一向一揆爆发，而信长正在应付朝仓和浅井，信长的弟弟、尾张国小木江城主织田信兴因城破而自杀。长岛一向一揆开始蔓延。元龟元年（1570），已经彻底成为信长一生中最为头疼最为倒霉的一年。
二、佛敌信长
元龟元年（1570）很快就过去了，在这一年里，信长面前似乎怒潮汹涌，势单力孤的信长奔前跑后，就像正在修补千疮百孔的堤坝的民工。足利义昭似乎是信长麻烦的最大来源。正是他一手策划了信长包围网，征夷大将军的头衔在某种程度上还是有用的，但周围的一群野心家更多的不是看重足利义昭的号召力，毕竟这个将军只是一个穷得只剩下名号的光杆将军。他们更看重的是控制近畿所带来的政治意义。就是在这种情况下，信长作为现任的近畿控制者，自然就成了周围大批野心家猎取的对象，而足利义昭的号召不过正好切合了他们的想法而已。
长岛位于木曾川、揖斐川和长良川三条河流的交汇口，这里是本愿寺势力的核心地带之一，信徒的势力遍布尾张国的西南部、美浓国南部和伊势国北部。长岛一向一揆对信长来说是心腹之患，北方的朝仓和浅井并没有再次决战的能力和决心，何况在上一轮交锋中，信长大占便宜，浅井自顾不暇。武田虽然蠢蠢欲动，但毕竟还有德川作为屏风挡着。三好三人众则并不能成气候。只有一向一揆是最麻烦的，早在永禄六年（1563），信长的忠实盟友德川家康领地里发生一向一揆，差点把德川打掉了半条命。前车之鉴也使信长对长岛一向一揆格外重视，况且这次的长岛一向一揆杀死了信长一个弟弟，伊势桑名城主泷川一益也战败退走，这使信长更认识到一向一揆威力的强大。
元龟二年（1571），浅井的佐和山城守将矶野员昌被羽柴秀吉等人说降，事实上，佐和山城早已成为孤城一座，横山城的陷落和元龟元年浅井朝仓联军的妥协，使佐和山城彻底看不到援军到来的希望。矶野员昌也被迫做出抉择。
佐和山城的陷落使信长暂时不用“照顾”浅井方面的军队。元龟二年（1571）五月，信长发动了征讨长岛一向一揆的战争，气势汹汹的信长可以说是倾巢而出，两万大军分兵三路杀向长岛。信长本阵位于津岛；佐久间信盛、浅井新八、山里三左卫门、长谷川丹波、和田新介、中岛丰后率军从中筋口进攻；柴田胜家、市桥九郎左卫门、氏家卜全、伊贺平左卫门、稻叶一铁、不破光治、丸毛兵库、本小大膳、饭沼勘平出太田口进攻；长岛本愿寺派出了最凶悍的雇佣军--杂贺众前往应战。杂贺地区是日本铁炮流传的最早地区之一，杂贺国人众以擅长运用铁炮闻名，同时手里还有一队数目颇大的铁炮军团。这次信长遇见的就是著名的杂贺众，本愿寺一方面发挥杂贺众游击战的优势，东打一枪西开一炮，一方面控制住了伊势湾的制海权，两面夹击，给气势汹汹的信长当头一棒。太田口一方以柴田胜家为主将的军队受到沉重打击，柴田胜家受重伤，美浓三人众之一的氏家卜全负责殿后，不幸阵亡，另有数名家臣战死。
这次的失败是对信长的又一次打击，由于长岛一向一揆，信长失去了一员猛将和一个弟弟，同时近畿地区受到了严重威胁。痛定思痛的信长决定改变策略，先平定南近江一向一揆。八月，信长再次出阵，从南近江的中岛砦进入佐和山城，九月朔，信长进攻一揆势的志村城，在佐久间信盛、柴田胜家、丹羽长秀和中川八郎右卫门四人的疯狂攻击下，志村城陷落，杀敌670余人。通向比山的道路被打开，南近江一向一揆基本平定。
比山跟信长是有旧仇的，当初信长和朝仓浅井联军激战的时候，要求延历寺支援，延历寺一口拒绝。同时，在平定一向一揆的过程中，信长也增加了对佛教徒的厌恶情绪，他认为佛教徒就该好好待在庙里吃斋念佛，有事没事拿刀舞枪地干涉大名的事务，那就是不老实的和尚。本愿寺是如此，延历寺也是如此。
