在清华研究院成立至曹云祥辞职溜走的这个短暂的黄金时期，事实证明吴宓、梁启超在举荐陈寅恪时，对曹云祥所说的那些话并非妄言。陈氏一到清华园，很快就展示了作为一代史学大师的盖世风采。
按清华国学研究院的规定，每期学员满一年即可毕业，发给学历证明。若有想留校继续研究者，可提出申请留校继续学习、研究。当陈寅恪到清华园时，第一期学员已经毕业，但仍有刘盼遂、吴其昌、姚名达等7人留校继续攻读。1926年9月8日，陈寅恪参加了第二学年，又称为第二期的开学典礼。此届招生如谢国桢、刘节、陆侃如、戴家祥、吴金鼎、卫聚贤、王力、姜亮夫等29名，加上第一届留下的7人，共有学员36名。在开学典礼上，各位导师作了热情洋溢的讲话。当然，最为慷慨激昂，令听者为之热血沸腾，几欲挥拳仰天大吼者乃梁任公--这项特殊本领与才华是其他几位导师特别是王国维所不能匹敌的。
这一学年，诸位导师均使出看家本领为学生开课，陈寅恪亮出的绝活是主讲“西人之东方学之目录学”与“梵文-《金刚经》之研究”两门。指导学生专题研究的学科为：
一、年历学（中国古代闰朔日月食之类），二、古代碑志与外族有关系者之比较研究，三、摩尼教经典与回纥文译本之研究，四、佛教经典各种文字译本之比较研究（梵文、巴利文、藏文、回纥文及中亚细亚文诸文字译本与中文译本之比较研究），五、蒙古、满洲之书籍碑志与历史有关系者之研究。
这一连串的列目，足令人为之眩晕，也可看出陈寅恪在古文字学的造诣已经到了何种广博精深的程度。
由于陈寅恪学问如渊似海，外人根本无法得知内在详情。加之陈氏一生对自己的品学极为谦虚慎重，从未炫耀于他人，他到底懂多少种语言文字，直到他去世后都未有定论，世间没有一个人能说得清楚，即使他的师友、家属与弟子也莫不如此。
据陈寅恪晚年弟子、中山大学教授胡守为回忆，陈氏在任教中山大学期间，“在他填写的履历表上，‘懂何种外语’一栏，只写着‘德语’二字”【57】。显然，这是他的自谦。陈氏的受业弟子、后在北京大学任教的王永兴言其“具备了阅读藏、蒙、满、日、梵、巴利、波斯、阿拉伯、英、法、德、拉丁、希腊等十三种文字的阅读能力”【58】。据陈寅恪侄子陈封雄回忆说：“寅恪叔学习外国文字的惊人能力并不是由于他有异于常人的头脑，而是凭他坚忍不拔的求知毅力。例如，1919年他在哈佛大学时开始学习梵文，他的表弟俞大维同时也选修这门课，但是学了半年便畏难而退了（这是俞大维亲口对我说的），先叔却一直继续学了二十多年，当他在清华大学任教时，仍经常到东交民巷向精通梵文的德国教授钢和泰求教。我幼时见过他在书房内朗诵梵文经典拓片。使我亲聆了‘梵音’，并问他在念什么咒语，引起他大笑。”【59】有一次，陈寅恪随便翻了一下陈封雄中学所用的世界史教科书，此书是根据当时美国出版的教科书编译的，图文并茂，而图片尤为精致。其中一张图片的注释是“刻有巴比伦文的出土碑碣”。陈寅恪见到后立即来了精神，待仔细一看摇头道：“这不是巴比伦文，是突厥文，写书的人用错了图片。”【60】对于此次指出的错误，陈封雄多少年后还能清晰地忆起这位六叔当时那哭笑不得的表情。
尽管陈寅恪的子侄辈受这位六叔教诲多多，但对其学问仍有窥无涯之海，无边无沿之感。陈封雄曾对问过他的研究者说：“寅恪叔到底学了多少种文字，我也不清楚。一般说来，他能读懂14种文字，能说四五国语言，能听懂七八种语言，是大致不差的。这些成绩基本上是他在36岁以前取得的。”【61】
根据陈寅恪一生治史之“无证不立”的严慎态度，仅凭家属、亲友、弟子的回忆是靠不住的，必须有切实的证据才能令人信服。尽管此类证据难寻，但也决非一点线索没有。一个直接的证据是，“文革”中被红卫兵抄走的陈寅恪当年在国外学习时期的一批珍贵资料，在陈氏去世后陆续归还，其中就有当年的学习笔记若干册。透过那早已发黄的粗劣纸张和纸张上密密麻麻的记载，可以窥知笔记主人在学术征途上历尽的艰难困苦与丰硕收获。曾留学德国十年，后任教于北京大学的季羡林在广州一次会上说：“陈寅恪先生20年代留学德国时写了许多学习笔记，现存六十四本之多，门类繁多，计有藏文、蒙古文、突厥回鹘文、吐火罗文、西夏文、满文、朝鲜文、梵文、巴利文、印地文、俄文等二十二类。从中可以看出先生治学钻研之深，其中最引人注目的是各门学科的文献目录，衡之以20年代全世界研究水平，这些目录是十分齐备的。”【62】季羡林同时讲道，东方古代语言的掌握，主要以比较语言学方法，即用一种文字之佛教经本与其译本相比照，进而探究不同语言之规律与变化。陈寅恪之语言学习与文献阅读是相关联的。例如学梵文，寅恪就专听过梵文金刚经研究课程。正是有了如此渊博的学识，他才敢于在大师如林的清华园开讲“西人之东方学之目录学”与“梵文-金刚经之研究”两门大课。据说，俄国人在外蒙古发掘到三个突厥石碑，但对碑文一直搞不清楚，学者们莫衷一是，后来请陈寅恪翻译解释，各国学者竟毫无异词，同声赞同。
