咸丰十一年（1861）春，陈宝箴南归省母，时由建立湘军起家的曾国藩以两江总督之职屯驻安庆，陈氏前往拜谒，曾氏引为上宾，惊其才学识见，誉为“海内奇士”，欲留于幕府视事。陈氏不愿为幕僚之客，欲亲临战场与洪杨太平军一较高下，遂辞谢，复归江西老家。未久参加席宝田江西军队，筹划与敌战。席氏曾随江西刘坤一率部追击太平军石达开部入广西并攻取柳州，因功赏戴花翎。时席宝田与江西巡抚沈葆桢不和，而沈又与两江总督曾国藩不睦。面对错综复杂的政治时局，陈氏经过深思熟虑，离江西入曾国藩幕府。曾氏见之惊喜交加，当即书有“半杯旨酒待君温”等句以勉。同治三年（1864），湘军攻陷天京，太平天国幼主洪天贵福在李秀成、洪仁玕等臣僚将士的护佑下，与众宗室姻亲出逃。陈宝箴以一个杰出战略家的眼光与聪敏头脑审时度势，断定洪氏一行必逃亡瑞金，立即向席宝田献奇策于广昌、石城间设伏，言幼主出逃，“奔逸数千里，日夜疾行，辎重妇女相随属，见无追军，惫甚，行必缓。我亟趋间道，要击广昌、石城间，寇可灭也”【23】。席依其计，果在道中俘获太平天国幼主洪天贵福及洪仁玕、黄文瑛、洪仁政等重要人物。陈宝箴由此名动公卿，声布朝野。
光绪元年（1875），陈宝箴受命署理湖南辰沅永靖兵备道，治凤凰厅（今凤凰县）。此处地瘠民贫，匪患猖獗，数十年犷悍嚣凌之气，历届官吏皆束手无策。据岳麓书院曾国藩的同学、晚清著名外交官郭嵩焘撰文称，陈氏得署凤凰后，以兵家战略“求得干才一二人，授方略，令各清其族，捕治数十人，不逾月而民气为之一变，至今帖然诵廉访（南按：明清对按察使的通称，宝箴后曾任此职）之遗爱也”【24】。此后，教民凿石通水，使行舟可运，又教山民种茶栽树，以薯刨丝晒干可久藏不坏，食之可掺大米蒸成饭，解决了缺粮之苦。
因治凤凰政绩卓越，陈宝箴仕途开始顺畅，相继出任浙江、湖北按察使等职。光绪二十年，海外耀兵，陈宝箴自鄂调京师畿辅，出任直隶布政使。未久，中日甲午海战爆发，号称装备优良的大清北洋水师顷刻间灰飞烟灭，名重一时的洋务运动毁于一旦，大清帝国像一个被掏空了的枯干泥足巨人，被日本小鬼一招撂倒在地，再也没有爬起来。泱泱中华败于弹丸岛国，朝野惊慌，寰宇震动。翌年，李鸿章签订《马关条约》，割地赔款，国人深受刺激，陈宝箴闻之痛哭，呼曰：“无以为国矣！”【25】期间，陈氏曾入京谒光绪皇帝，多所陈策。宝箴见光绪帝愁容满面，心力交瘁，乃提请皇帝日读圣祖康熙《御纂周易》，以期遇变而不失常。光绪闻之颇以为然，感念不忘。
甲午之战，是中国彻底走向衰败的转折点，国际地位江河日下，面临被世界列强五马分尸、大卸八块之危境。此时朝廷支柱李鸿章持盈保泰，暮气已深，且因签订马关之耻辱条约被舆论所困。康有为、梁启超等进京赶考的举子借机闹起了学潮，于悲愤中千余人聚众上书，声言拒和、迁都、变法。一时间，社会激进之士纷纷跳将出来指点江山，激扬文字，欲粪土以醇亲王奕、李鸿章为首的“浊流派”朝廷命官。而以恭亲王奕、李鸿藻、陈宝箴、张佩伦、沈葆桢、张之洞等为首的“清流派”趁机崛起得势。在政局激荡、社会秩序剧变的大混乱、大动荡中，被誉为“清流派”中流砥柱的陈宝箴，受朝廷重臣、兵部尚书荣禄荐举，于光绪二十一年秋八月，以直隶布政使诏受湖南巡抚，一跃而成为独当一面的封疆大吏。陈宝箴宦海生涯在达到人生顶点的同时，也开始在湖南这潮湿溽热的地盘上大胆改革、锐意进取，展开了一系列匡时济世的政治活动。
