清华到底是个学校，此则是一纯粹研究机关。
清华到底在一处（北平），此则无所不在。
清华各种关系太多，此则究竟是个小小自己的园地。
所以在清华不便派人长期在外时，可由我们任之。……清华有感觉不便者，我们成之，如此而已！[4]
早在史语所成立之初，傅斯年就以中央研究院历史语言研究所筹备处的名义撰写了《历史语言研究所工作之旨趣》一文，明确提出：“历史学不是著史；著史每多多少少带点古世中世的意味，且每取伦理家的手段，作文章家的本事。近代的历史学只是史料学，利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料，所以近代史学所达到的范域，自地质学以至目下新闻纸，而史学外的达尔文论正是历史方法之大成。”文中，傅斯年以其渊博的学识和天才的构想，概括地提出了历史学与语言学研究的三个标准：
（一）凡能直接研究材料，便进步；凡间接的研究前人所研究或前人所创造之系统，而不繁丰细密的参照所包含的事实，便退步。
（二）凡一种学问能扩张他所研究的材料便进步，不能的便退步。
（三）凡一种学问能扩充他作研究时应用工具的，则进步，不能的，则退步。实验学家之相竞如斗宝一般，不得其器，不成其事，语言学和历史学亦复如此。
在三条标准中，傅氏特别强调：“一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。”“我们不是读书的人，我们只是上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西！”
最后，傅斯年以他惯有的“大炮”性格振臂高呼：
一、把些传统的或自造的“仁义礼智”和其它主观，同历史学和语言学混在一气的人，绝对不是我们的同志！
二、要把历史学语言学建设得和生物学地质学等同样，乃是我们的同志！
三、我们要科学的东方学之正统在中国！[5]
同陈寅恪一样，作为学术“大鳄”的傅斯年，尽管游学欧洲七年，却是为学问而学问，没有弄到一顶硕士或博士帽子，但凭其出众的学识与大气磅礴的组织能力，受到学术界普遍的钦佩与尊重，李济在后来的回忆中说道：“以历史语言研究所为大本营在中国建筑‘科学的东方学正统’，这一号召是具有高度的鼓舞性的，举起这面大旗领首向前进的第一人，是年富力强的傅斯年。那时他的年龄恰过三十不久，意气丰盛，精神饱满，浑身都是活力；不但具有雄厚的国学根柢，对于欧洲近代发展的历史学、语言学、心理学、哲学以及科学都有彻底的认识。他是这一运动理想的领导人，他唤醒了中国学者最高的民族意识，在很短的时间内就聚集了不少运用现代学术工具的中年及少年学者。” [6]
对这一辉煌的科学发展前景，极富理性与科学眼界的李济没有因为傅斯年的大呼小叫而陶醉，反而为之担心并提出警告：“口号是喊响了，热忱是鼓起来了，如何实行？若是这进一步的问题不能圆满解决，口号将止于口号，热忱终要消散的。”[7]
傅斯年毕竟非等闲之辈，亦不愧是胡适盛赞的“人间最稀有的一个天才”，[8]他同样意识到了这一点，因而在处理各项事务时，较之中山大学时代更加谨慎、务实和富有远见。经过一年的筹备经验及各方面的反复磨合，到1929年6月，在傅斯年主持的所务会议上，正式决定把全所的工作范围由原来预设的九个组，压缩为历史、语言、考古三个组，通称一组、二组、三组。主持各组工作的分别是陈寅恪、赵元任、李济“三大主任”。后又增设第四组--人类学组，由留美的“海龟”吴定良博士主持工作。这一体制，直到史语所迁往台湾都未变更（南按：其中有一段时间，人类学组从史语所分出，成立人类体质学研究所筹备处，但终未正式独立建所）。
万事俱备，只欠东风，中央研究院历史语言研究所就要鸣锣开张了。当三个组的人员各就各位后，傅斯年以非凡的处事能力与人脉关系，很快为第一组找到了内阁大库档案，指定了汉简与敦煌材料的研究范围；为第三组划定了安阳与洛阳的调查。二组的语言调查工作也相应地开展起来。
为了消除李济担心的“口号将止于口号”这一形式主义的疾痼，富有学术远见的傅斯年于史语所筹备阶段的1928年8月12日，便指派时任中山大学副教授、史语所通信员董作宾，悄悄赶往安阳殷墟，对甲骨出土地进行调查并收集甲骨了。
所谓甲骨文，即刻在龟甲和兽骨上的一种古老文字，其作用就像远古的先民“结绳纪事”一样，属于一种“纪录文字”。当这些龟甲和兽骨上的文字未被识读之前，只是被当做不值钱的药材出现在大小药店。而一旦上面的古文字被确认，天下震惊，中华远古文明的大门轰然洞开。
