在民族生死存亡之际，保护和抢救平津地区教育、文化界知识分子与民族精英，越来越显得重要和迫在眉睫。中央研究院院长蔡元培、北京大学校长蒋梦麟、清华大学校长梅贻琦、南开大学校长张伯苓、北平研究院院长李煜瀛、同济大学校长翁之龙、中央大学校长罗家伦、中央研究院史语所所长傅斯年等102人联合发表声明，揭露日军破坏中国教育机关的罪行，提出了“教育为民族复兴之本”的口号，要求政府采取果断措施，将一些高校迁往内地办学。
8月17日上午，国民政府国防最高会议参议会在南京汪精卫寓所召开，共邀请16人参加，分别是：
张伯苓、蒋梦麟、黄炎培、张嘉森、张耀曾、沈钧儒、曾琦、▲李璜、▲蒋方震、▲梁漱溟、▲陶希圣、▲傅斯年、毛泽东、马君武、晏阳初、▲胡适。由汪精卫主席，列席者有蒋作宾、王世杰、吴达诠三部长及秘书长张群。
所邀人员大约有一半出席（有▲标志者），时在延安的中共领袖毛泽东由周恩来代表出席。从受邀人员名单可以看出，此次会议除了军事上的讨论，更多的是对文化教育方面的关注，平津地区教育、学术界何去何从，已经上升到国家战略的高度予以讨论。
9月10日，国民政府教育部发出第16696号令，正式宣布在长沙和西安两地设立临时大学。由国立北京大学、清华大学、私立南开大学组成长沙临时大学。以北平大学、北平师范大学、天津北洋工学院（原北洋大学）和北平研究院等院校为基干，设立西北（西安）临时大学。两个临时大学以原各校校长任筹备委员会常务委员，迅速赴当地选址筹备，尽快组织师生撤出平津地区在新校舍开课。
9月13日，长沙临时大学筹备委员会召开第一次会议，北大、清华、南开三校校长为当然委员，另有北大胡适、清华顾毓琇、南开何廉，外加中央研究院史语所所长傅斯年、湖南大学校长皮宗石、湖南省教育厅长朱经农等为委员。教育部部长王世杰为主任委员，教育部次长周炳琳为主任秘书，因周炳琳不得脱身赴长沙，其主任秘书一职由杨振声代理。会议确定租赁地处长沙市韭菜园一号原美国教会所办圣经书院作为临时校舍，明确院系设置、组织结构、经费分配等事宜。此时的长沙圣经书院已经停办，校内教室、宿舍、家具及办公用具较为齐备，另外还有一个大礼堂地下室，正好作为临时大学师生的防空洞，以避日机轰炸。
9月20日，北大校长蒋梦麟与三校同仁陆续到达长沙紧急筹备。9月28日，各项事宜就绪，开始启用国立长沙临时大学关防，校务由三校校长及主任秘书组成的常务委员会负责。[8]与此同时，西北临时大学也在西安择好了校址并基本筹备就绪，战时的中国教育即将揭开新的一页。
在此之前，由教育部发出的撤退命令已在平津各校师生中用书信和电报秘密传达， 早已心力交瘁，翘首以盼的各校教职员工和学生们接到通知，纷纷设法夺路出城，尽快逃离沦于敌手的平津两地，辗转赶赴湖南长沙和古城西安--中国现代历史上最为悲壮的知识分子大撤退开始了。这一决定是在时局激变的紧急情况下仓促作出，因而，此次撤退实际上是一次毫无组织和秩序可言的慌乱大逃亡。
校园成为一片焦土的南开大学师生接到命令，乘船沿海路陆续南下。南开大学秘书长黄钰生、理学院院长杨石先，早在宋哲元、张自忠等辈与日本人拉拉扯扯，欲谈和屈就时，已感到凶多吉少，遂着手组织部分留守师生向校外转移图书、设备，并组织教授眷属尽可能撤出校园，转往安全之处。当战争打响，日军炮击、轰炸南开校园后，黄钰生、杨石先与郭屏藩等教授冒着滚滚浓烟和零星的枪炮声，在校内检点情况。当撤离校园时，黄钰生从自家倒掉的废墟中扒出了未烧着的被褥和一件衬衣，杨石先则只有身上的一套单衣和一架相机，二人带着这点仅有的身外之物，率领南开师生踏上了去往长沙的路途。
坐落于北京城中心地带，建校历史最为悠久的北京大学，由于校长蒋梦麟、文学院院长胡适等名流均赴庐山参加政府会议，各项善后工作落到了北大秘书长兼历史系教授郑天挺身上。随着北平沦陷，日军进城，一些骨气与民族气节都呈“五短身材”状的文人、学者纷纷“下水”，开始与日寇狼狈为奸，企图阻止师生南下，局势异常严峻。面对危局，郑天挺顾不得夫人新丧，子女年幼的悲痛与托累，全部身心用于保护校产和组织师生安全转移中来。他先是决定向经济困难的滞校学生每人发款20元，促其迅速离校，尔后想方设法使北大教授及其家属安全撤离。对此，郑天挺回忆说：“蒋梦麟校长等离北平后久无来信，对学校下步如何处理，大家都不清楚，只能临时应付。日寇进城、形势更加恶化，当时教职工到校者寥寥可数，多数同仁都想早离危城，但又无路费。当时我仍每天到校办公，解决职工教授生活、安全、校产保护等问题。未走教授如孟森、汤用彤、罗常培、邱椿、毛子水、陈雪屏等也多次开会，建议给低薪职工每人发30元维持费。并表示全力协助我共同支撑、维持学校局面。当时大家也常为我的安全忧虑。”[9]
