正当徐州激战之际，陇海铁路的出海口连云港忽然遭到日本舰队的海上进攻。
本来徐州一失，连云港便成孤城，失陷只是时间问题，因此当地守军和居民大多已经撤离。突然出现在海面上的日本舰队却排出包括航母和舰载飞机在内的强大阵势，短短几小时便宣布占领连云港，缴获大批海运物资和民用船舶，当天向大本营发出报捷电。
但是海军这个“辉煌胜利”却大大激怒了陆军。本来陆军奋战数月好容易打通津浦铁路，将孤立无援的连云港变成囊中之物，华北派遣军所以并不急于攻城，是因为在寺内总司令看来连云港就像一只锅里的鸭子，放在那里也不会飞走。不幸的是，煮熟的鸭子偏偏飞走了，偷走总司令胜利果实的不是别人，正是陆军死对头，以帝国老大自居的海军舰队。
其实此前海军已经多次制造类似越权进攻的事件，严重侵犯陆军的利益。年初华北派遣军进攻山东，海军派出舰艇抄海上近路抢占青岛，宣布将这座重要的海滨城市占为己有。此事一度引发两军冲突，险些酿成流血事件。
在古代日本，“下克上”专指地位低下的一方冒犯权贵而大逞威风，也就是造反的意思。但是进入近代，“下克上”的意义悄然演变，成为日本军人集团干涉政治和自行其是的重要精神口号和理由。
昭和五年（1930年），日本内阁决定与英、美妥协削减海军舰只。首相滨口雄幸招致军人行刺身亡。刺客被判处极刑，刑前发表慷慨激昂的爱国演说，一时成为日本家喻户晓的民族英雄。而天皇观看根据刺客故事改编的戏剧之后，公开表示对这位“下克上”的刺客抱有好感。
滨口遇刺不久，右翼军人在东京策划武装政变，企图建立军人内阁以实现对支那（中国）全面入侵，史称“三月事件”。当局逮捕大批政变分子，奇怪的是政变者并未受到严惩，甚至免予军纪处分。原来赦免政变分子的命令来自日本皇宫，天皇裕仁成为军人“下克上”的最大保护伞。
三月事件风波尚未平息，日本陆军就在中国东北发动震惊世界的“九·一八事变”。事变第二天内阁驳回陆军紧急出兵的提案，确立“不扩大”方针。但是军人根本不予理睬，日本关东军、朝鲜军联合出动，不到一百天就占领了相当于日本国土两倍半的东北全境。
部分有远见的日本政治家深感危机迫近，时任首相的若规礼次郎在内阁会议上痛心疾首地说：此战一开，则日本国无宁日矣。可见得他已经预见到对华开战是一条不归路，将给岛国民族带来灭顶之灾。无奈此时的日本军人就像阿拉伯神话中那个从瓶子里放出来的魔鬼，要阻止它已经为时晚矣。
此后日本政局持续动荡，军人大行其道为所欲为，肆无忌弹地制造出一系列旨在推动法西斯军人集团上台的武装流血事件，比如“十月事件”、“血盟团事件”、“五·一五事件” 、“帝人事件”、“神兵队事件”、“十一月事件”、“相泽事件”等等。昭和七年（1932年），日本年轻军官数百人发动政变，全面袭击东京首相官邸、警视厅、日本银行、政党本部，枪杀内阁首相犬养毅。昭和十一年（1936年），驻守东京的日本近卫第一师团发动兵变，公然杀死曾任首相的内阁大臣斋藤实和高桥是清以及教育大臣渡边等多人，开创军人武力干政的先河，史称“二·二六事件”。
“下克上”一时蔚为风气。
本来军人当以服从命令为天职，擅自行动和越权作战为军纪所不容，但是“下克上”已经像一种愈演愈烈的流行病，使得日本军队像脱缰野马不受约束自行其是。寺内总司令向东京拍发电报进行控告，同时派人向海军提出抗议，更有年轻气盛的师团长派出坦克部队开往连云港向海军示威，但是一向傲慢无礼的海军哪里把陆军放在眼里。舰队司令一声令下，军舰上的远程大炮昂起黑洞洞的炮口，舰载飞机排出密集队形从天空呼啸而过，海军陆战队筑起工事严阵以待，一时间双方剑拔弩张互不相让，一场流血内讧眼看难以避免。
东京大本营紧急派出特使前往调解，调解结果是华北派遣军退回徐州，海军维持占领，“连云港危机”暂时得以化解。事实上东京的袒护立场最终成为妨碍日本帝国走向胜利的绊脚石，1942年美军进攻瓜达尔卡纳尔群岛，时任南方军总司令的寺内寿一请求海军运兵船支援，海军则以各种理由予以拒绝，加速瓜岛守军覆灭。
寺内总司令对大本营的偏袒态度深感愤慨，既然大本营无力约束海军，那么陆军为什么一定要成为“下克上”的受害者和牺牲品呢？历史表明，这个看似同中国战局无关的“连云港事件”却将对1938年的抗战进程产生深远影响，它的直接后果是刺激华北派遣军自行其是越权行动。尽管大本营命令“保持各自态势，暂不扩大战面”，但是野心勃勃的寺内总司令根本不打算服从命令，他的理由很简单，那就是东京绝不会惩罚打胜仗的将军。幕僚支持总司令的决心，他们说；占领支那（中国）是陆军的责任，所以怎么做都不过分吧。
徐州会战接近尾声，两大日本派遣军实现胜利会师，前来增援作战的华中派遣军陆续撤回南方战区，北方战场开始呈现短暂的平静局面，一道蓄谋已久的秘密命令被下达了。下达命令的是总司令本人，他对参谋长口授电文道：致电土肥原贤二将军，华北派遣军命令如下……
