1945年1月，蒋经国辞去赣州专员，全力以赴任三青团中央干部学校教育长，青年军政治部主任、青年军政工班主任。不久，张治中调往新疆任职，三青团中央团部组织处处长康泽被蒋介石安排赴美考察，由蒋经国接任该职。陈诚虽重挂三青团书记长虚名，蒋经国实际上已成为三青团领袖。
1945年5月5日国民党第六次全国代表大会在重庆浮屠关中央干部学校礼堂开幕。大会期间，会场内外出现不少批评意见。蒋介石对会内质询是痛骂，对党内干部的评价又提出新的标准。如，盛世才在新疆杀人如麻，代表们要求追究他的责任。蒋介石却说：“盛同志（世才）带来了伍万两黄金给中央，试问民国以来，有这样好的人吗？”会场大哗。
国民党“六大”还出现一场小闹剧，据与会多位代表回忆：陈立夫、程天放等五十九名CC派提议总裁要改为终身制，受到国民党元老的反对。CC派又纠合五届中央委员和代表三百人要“奉献”选举权给领袖，由领袖替他们选举中央委员，标榜他们一向以服从领袖为荣幸。三青团代表们知道后，联名上书蒋介石，表示异议，认为选举权不能私相授受，针锋相对。蒋介石一见此局面，便由他个人提出五百名候选人名单，中央委员由原定三百名增为四百八十名，各代表在五百名中划去二十名即可。这个以“划去”代替选举的奇怪办法一经宣读，许多代表啼笑皆非，喧闹起来。蒋介石在会上振振有辞地说，已有三百名代表把选举权给他支配，所以这个办法不容反对。接着，大声喊道：“赞成本案者请起立！”坐在前面的应声而起，坐在后面的稀稀落落继之，蒋介石不令人清点人数，大声宣布：“大多数赞成通过。”接着分发一张印有五百人名单为选票，谁也不知道划去最多二十人的是什么人。5月20日报上发表的中央委员名单又由蒋介石亲自审定调整，已大不一样。“中正不正，总裁独裁。”背后代表们的批评，迅即如歌谣一样传遍了重庆内外。不过，国民党“六大”，三青团中央团部各处处长，全部当选为国民党中央委员。
三青团的实力随着抗战胜利，跟随蒋经国的步履在全国展开，迅速增长。
1945年7、8月中苏莫斯科谈判关于东北和外蒙问题，宋子文任首席代表，蒋经国、钱昌照、沈鸿烈组团前往。无奈早在1945年2月雅尔塔会议，罗斯福为了换取斯大林的出兵，已将外蒙和中国东北权益拱手相送给苏联。此时中国代表坚决反对，也不能改变。当时中国在美国和苏联心目中什么地位，一目了然。中国代表于7月底回重庆汇报，钱昌照回忆：“蒋介石召开中央政治会议，讨论外蒙问题，决议用公民投票的方式决定外蒙归属问题。这实在是在开玩笑。外蒙实际上自1924年起即名义上独立，怎么还能投票回到中国来呢？蒋介石的真意是，只要苏联在战后，无论在政治方面，或经济方面都以蒋介石为中国的唯一对手，苏方所提一系列问题，我方都可酌量让步（有秘密换文）。宋子文了解这些情况后，决定不替蒋介石背这个黑锅，向蒋介石辞去兼外交部长职务，蒋介石派王世杰继任。
8月14日，承认外蒙独立的《中苏友好条约》在莫斯科签字，由王世杰代表中国政府签字。”
1946年1月3日，国民政府发布公告，对外承认外蒙古独立。
抗战胜利后，蒋经国曾作为东北行辕秘书长，辗转东三省，盼望将东北打造为第二个赣南。1945年11月1日，蒋经国在日记中写道：“日人统制东北时，国人食白米者辄处死刑；现在一般平民亦少有能吃白米饭者，此皆为日本侵略与压迫之结果。我老百姓之痛苦深矣。今后吾人对东北，必先以全力求其安定，再求人民生活之改良。尤其对于东北新生之力，必培养而扶持之。”
