张之洞及梁鼎芬在电报中指责沈翔云“滋事荒谬，已牌示革除”，应该与沈翔云出国前参与唐才常等人领导的自立会及自立军有关。
唐才常是湖南浏阳人，是两湖书院的学生，因为学习成绩优秀，很得张之洞器重。1898年戊戌政变发生时，唐才常应同乡密友谭嗣同的邀请，正在从长沙经过汉口前往北京的路途之中。他得知谭嗣同被杀的消息后返回家乡，不久辗转抵达日本，一方面积极参加康有为、梁启超的各种“保皇”活动；另一方面与孙中山以及已经加入兴中会的留学生吴禄贞、傅慈祥、戢元丞等人密切交往。
1899年11月，唐才常与湖南留学生林圭（述唐）、秦力山和湖北留学生傅慈祥、吴禄贞等人一同从日本回国。临行前，梁启超、孙中山都来饯行。回到上海后，唐才常、沈荩、毕永年等人在上海组织“正气会”。1900年春天，号称“扶清灭洋”的义和团运动，在中国北方迅速兴起。唐才常等人觉得有机可乘，将“正气会”改名为“自立会”，从注重鼓动读书人的“正气”，转为仿照江湖会党的办法建立“富有山堂”，在长江中下游发行富有票，吸收会员组织自立军。林圭还回到湖南联络会党在长沙设立哥老会中央本部。
随着八国联军开始入侵、慈禧太后向各国宣战，唐才常于7月1日以挽救时局、保种救国为名在上海召开“国会”，选举容闳为会长、严复为副会长，唐才常、章太炎、文廷式、吴葆初、叶瀚、黄宗仰、沈荩、龙泽厚、毕永年、林圭等人为议员，由唐才常兼任总干事。林圭、傅慈祥等人，在汉口英租界李慎德堂设立自立军机关总部，将各地自立军勤王武装分为中、前、后、左、右各军及总会亲军、先锋营，兵力约二万人。唐才常等人最初决定于8月9日在安徽大通、安庆和湖北汉口、湖南常德同时起义。由于康有为、梁启超承诺的经费枪械迟迟不能交付兑现，起义日期一再延误。驻安徽大通的自立军前军统领、梁启超创办的东京高等大同学校的留学生秦力山，因为没有得到通知而于原定日期起事，在吴禄贞等人协助下坚持七昼夜之后失败逃亡。从8月18日起，大批会党成员潜入武汉，准备于23日起义。张之洞在梁鼎芬的苦劝和英国人的配合下先发制人，于22日清晨突然采取行动，在汉口英租界逮捕了唐才常、林圭、傅慈祥、蔡科等二十多人，并于当天晚上予以斩杀！
依据小田切万寿之助记录的沈翔云、黄兴一行人第一次前往日本留学的准确时间，冯自由所说沈翔云直接参与自立军起义并且“时在上海，仅以身免”，是不可能的。沈翔云把自立军起义过程中“或死或逃”的二十多名留学生一一引见给孙中山，更是信口开河的无稽之谈。相关的文献资料显示，秦力山是兵败逃亡后，在新加坡认识孙中山的。1899年9月由两湖书院选送为湖北省官费留学生的安徽休宁人程家柽，是在惠州起义失败后，第一个前往横滨山下町寓所拜访孙中山的中国留学生，包括沈翔云在内的许多留学生，其实是由程家柽介绍给孙中山的。
二、沈翔云批驳张之洞
关于沈翔云在自立军起义失败之后的表现，冯自由采用历史演义的笔法介绍说：湖广总督张之洞，考虑到参加自立军的中国留学生，大多数是由湖北方面派往日本的官费学生，就“驰书东京，剀切劝告，令勿蹈死者覆辙”；从而引起中国留学生的强烈不满。大家嘱托沈翔云起草一封公开信予以批驳，沈翔云在公开信中痛陈革命道理，词意皆妙。惧怕舆论谴责的张之洞看到公开信后，“窘不可支，汗如雨下，即欲作答，而难于下笔”。于是把公开信发给两湖、经心、江汉三个书院的学生们，命令他们每个人写作一篇表态文章，同情沈翔云的许多学生纷纷请假逃学。有一个学生在遵命写作的文章中，极言革命足以亡国。张之洞看到后“击节称赏，令印刷万纸，分寄留东学生传观”。沈翔云读到后再一次宣言说：“吾国亡于满族已二百六十余年矣，岂至今日始言亡国耶？”闻者无不感动。
