重回佛山的黄飞鸿在父亲的安排下结了婚，黄飞鸿对这桩婚姻持中立态度，既不反对也不高兴，反正就那样，父母之命，媒妁之言。
但黄飞鸿没有呆几年有去了广州，黄飞鸿如父亲所愿，走上了仕途。黄飞鸿接到了广州水师的橄榄枝，广州水师聘他做武术总教练。黄飞鸿也巴不得离开佛山，要知道和自己不喜欢的人在一起厮守滋味不好受，况且黄飞鸿这样的优秀男人，又岂能局限在小小的佛山？
在广州当了六年的水师教练，而立之年时遭遇丧父之痛，黄飞鸿萌生退意，辞了水师教练，把妻儿接到广州，在广州仁安街开了一家跌打医馆"宝芝林"，门前悬有一副对联："宝剑出鞘，芝草成林。"黄飞鸿的医馆既授武术，又给病人看病。
起初，老百姓只知道黄飞鸿武功高强，并不知道他还跟父亲研究过中医，不太相信黄飞鸿的医术，看病可不是闹着玩的，弄不好要出人命的。
所以，有很长一段时间，黄飞鸿的医馆门庭冷落，即使黄飞鸿免费为老百姓看病，老百姓也摇摇头，他们宁愿花钱去正规医馆。
直到有一天，黄飞鸿医好了一个特别的人局面才逐渐好转。
威震四方的黑棋军统帅刘永福得了一种脚疾病，奇痒无比，求医无数，也没治好。
刘永福仰慕黄飞鸿的侠名，一日有空来家拜访黄飞鸿，谈话间说起了自己的苦恼。
黄飞鸿听了，神秘的笑了笑，说："如果将军信得过我飞鸿，我可以医好你的脚疾。"刘永福谁都信不过，但对黄飞鸿信任有加，黄飞鸿是老百姓有口皆碑的英雄好汉，不会信口雌黄的，于是放心大胆的让黄飞鸿去治，还开玩笑似的对黄飞鸿说："治好了算你的，治坏了算我的。"结果，多年的脚疾还真被黄飞鸿治好了。
刘永福惊喜万分，称黄飞鸿是华佗再世，于是，赠送了一块写有"医艺精通"字样的木匾，大力宣传黄飞鸿的医术。
王婆卖瓜，老百姓自然不信，但经过刘永福这么一宣传，老百姓信了，看来黄飞鸿黄大侠的医术和他的武功一样高明。
来宝芝林看病的人越来越多，超过了来拜师学武的人，医馆里到处都能听到老百姓唤"黄师傅"的叫声。
在广州只有一个"黄师傅"，那就是黄飞鸿。黄飞鸿非常喜欢这个亲切的称呼。
在为老百姓看病的时候，黄飞鸿从来没有马虎过，同时也很仗义，遇到穷困的病人黄飞鸿不收他的医药费。
在广州的老百姓离不开黄师傅的时候，黄飞鸿却又要走了。已经是黑旗军的军医官、福字军技击总教练的黄飞鸿，再一次燃起了他报国的愿望，1894年，刘永福率领军队赴台湾抗击日本侵略军，黄飞鸿随刘永福率九营福字军抵台，驻守台南。不料，刘永福护台失利，黄飞鸿不得不再一次回到广州。历经世事沧桑的黄飞鸿心态开始平静，从此只悬壶济世，退出武林，不再收取徒弟，不再传授武艺，并在"宝芝林"门前张榜说："武艺功夫，难以传授；千金不传，求师莫问。" 广东的武林，没有了黄飞鸿，顿时寂寞不少。
又过了二十年，黄飞鸿病逝于广州城西方便医院，享年六十九岁。
