到了这时候，在组织严密的航运业中人人都在谈论集装箱。然而，谈论远远多于行动。除了太平洋上的麦特森公司以及大西洋岸边的泛大西洋公司（此时已更名为海陆联运公司），再就没有几家轮船公司把集装箱用于日常运营了。航运公司需要更换战争年代留下来的船队，但是考虑到航运业似乎正处于科技变革的风口浪尖上，他们都不敢这样做。
说集装箱会改变航运业，这是非常容易判断的，但是，说它会在这个行业中引发革命，这就不太容易看清了。著名的船舶设计师杰罗姆·戈德曼就曾经说过，集装箱只是“权宜之计”，降低成本的作用微乎其微。很多专家都认为集装箱是一种缝隙技术，可以用于海岸地区以及美国本土与岛屿属地之间的航线，但对国际贸易来说却行不通。把数百万美元的资金押在一项很有可能被证明不实用的技术上，这种做法的风险实在太高了。海陆联运公司的船上起重机的确非常新颖，但是维护问题很快就败坏了它们的名声—这些问题常常导致船期延误。美国总统轮船公司经营着跨太平洋的航线，他们设计了一种带有两只轮子的集装箱，不用底盘就可以被卡车拖走；但是，在计算了用新的集装箱附件取代底盘所需要的成本之后，他们不得不放弃了这个主意。格雷斯轮船公司的经验给出了一个生动的警示。他们获得了一笔700万美元的政府补贴，用于把两艘普通货轮改造成集装箱船。他们还投入了另外的300万美元，用于购置配套的底盘、叉车以及1 500只铝制集装箱。然而，他们最终的遭遇却是委内瑞拉的码头工人拒绝装卸他们大力宣扬的集装箱船。因为对集装箱航运的政治和经济状况的判断严重失误，他们最后只好亏本地把这些集装箱船卖给了海陆联运公司。正如格雷斯公司的一位高管沮丧地说：“设想是正确的，但时机是错误的。”
海陆联运公司也渐渐地发现了集装箱业务的难处。他们在波多黎各的业务正在与布尔轮船公司展开激烈的竞争。布尔公司控制着一半的南向贸易以及从波多黎各到纽约90%的水上货运。在1960年4月，布尔公司启动了拖车运载船的业务，而在1961年5月，他们又添置了集装箱船，提早抢走了一些麦克莱恩期望拉到集装箱业务上来的发货人。本土的业务也好不了许多。一些食品和药品企业，比如纳贝斯克（Nabisco）和百时美（Bristol Myers）等，立刻就与他们签订了合约，由他们来负责这些企业从纽约地区到休斯敦的集装箱货运。另外，休斯敦的一些化工厂也使用他们的集装箱来把化肥和农药等运到东北部地区。然而，大多数的大型工业企业都不是很渴望使用集装箱航运。一些像海空联运—由海陆联运公司把货物从纽约运载到新奥尔良，然后再由一家航空公司运到中美洲—这样的想法，很少有人能接受。当波多黎各的业务开通时，流经泛大西洋公司在纽华克的总部站场的货物量，从1957年的22.8万吨一跃增至了1959年的110万吨—然后就突然地停止了增长。1959年的又一次码头罢工给公司造成了严重的损失，营业收入直线下降。从1957年一直到1960年，海陆联运公司的集装箱航运业务总共亏损了800万美元。麦克莱恩工业公司被迫暂时停止了分红。
无奈之下，麦克莱恩试图在1959年收购火车轮渡公司。在东部地区，火车轮渡公司是除了泛大西洋公司之外的唯一一家近海轮船公司，同时也是与沃特曼公司争夺国际航线运营补贴的一个对手。火车轮渡公司的管理层拒绝了麦克莱恩的要求。竞争对手们开始散布谣言，说麦克莱恩工业公司就快要破产了。因为在1955年的时候让麦克莱恩感兴趣的现金和多艘轮船都已不复存在了，所以离开补贴就根本赚不到钱的沃特曼公司已经被提交拍卖了。
麦克莱恩断定，问题出在航运业的心态：泛大西洋公司的经理人员都习惯了航运业过去的慢节奏，不懂得该怎样向企业的货运经理推销—如今的货运经理不关心轮船，只关心货物能否以较低的成本准时地送达客户手中。麦克莱恩找来了当年他手下那些年轻而又积极进取的卡车运输主管，希望他们能帮助他扭转局面。当他在1955年放弃麦克莱恩卡车运输公司的时候，他曾经同意不带走公司的骨干员工。如今，这些麦克莱恩卡车运输公司的前员工有很多仍然只有20多岁或30出头，他们同麦克莱恩从其他大型卡车运输公司挖来的年轻才俊一起，开始接手泛大西洋公司的众多关键职位。
“他们恰好在招人，”其中一个被招聘进来的人回忆说，“那就像是一次职业橄榄球队的选秀，而你们球队要招到最棒的四分卫。”很多人被请到纽华克来的时候，都还不知道麦克莱恩为他们安排的职位是什么。到了之后，他们接受了智力和性格测验—这种做法在20世纪50年代还很稀罕。麦克莱恩想要的是聪明、有闯劲、有创业精神的人；测验成绩不合格就意味着没有工作机会。教育程度无关紧要；尽管马尔科姆·麦克莱恩自己在大都会歌剧院有一个包厢，但他却看不上有人摆知识分子的架子；他建议新来的人最好抛弃语法，这样才能适应那些根本不懂语法的卡车司机。毕业于麻省理工学院、在1960年进入公司的船舶设计师查尔斯·库欣回忆说：“当我们没有别的事情可做时，我们就站在那里抛硬币；在沃顿商学院他们可不会教你抛硬币。”
那些通过了测验的人被赋予了重大的职责。伯纳德·恰可夫斯基是从麦克莱恩卡车运输公司挖来的，他负责监管泛大西洋公司与提供货物接送服务的那些独立的卡车公司之间的重要关系。肯尼思·扬格是从罗德威货运公司跳槽过来的，他负责管理波多黎各的业务。保罗·理查森在1952年大学毕业后就加入了麦克莱恩卡车运输公司的管理培训计划，并且在麦克莱恩离开后一直留在那里；在1960年，他又被麦克莱恩召至麾下，先是担任了新英格兰地区的销售经理，八个月后就开始负责全国的销售。理查森的秘密武器是一张很简单的表格，但它有一个夸大其词的名称叫“运输总成本分析”。这张表格可以并排地列出用卡车、火车和集装箱船运输某种产品的成本，不仅包括途中的运费，而且还包括当地的接送、仓储以及保险成本。推销员要把各列的成本加起来，让客户看到集装箱会带来多大的节约；然后，他们还要把这个数字乘上客户一年里要在这条路线上发货的批次；最后得到的数字是客户一年能节约下来的总成本—同传统的每吨几美元的衡量标准相比，这个数字显然会更大、更醒目。
在1960年早期，泛大西洋公司更名为海陆联运公司，以强调他们是走在货运行业最前沿的开拓者。他们那里一周工作7天，是一个令人兴奋但也要求严格的环境。那里不需要备忘录。高管之间的冲突是免不了的；管理者们要碰头开会、解决分歧并随后开始行动。绩效会经常地测评；对于成绩突出的人，所给予的奖励不是现金而是公司的股份。几十年后，海陆联运公司早期的那些员工们都回忆说，当年创建集装箱航运业的那段岁月，是他们一生中最美好的时光。“那是一家干劲十足、充满活力的公司。马尔科姆派给我们任务，而我们不会去问为什么，我们只是转身就去完成它们。”一个老员工回忆说。马尔科姆·麦克莱恩主持大局（背后人们都叫他马尔科姆，但当面每一个员工都称他为麦克莱恩先生），经常检查一些重要的数字，以确保现金的正常流转。
在受到了1960年亏损150万美元的强烈刺激后，麦克莱恩试图用自己一贯的方式来克服逆境，也就是借更多的债。在1961年，海陆联运公司购买了四艘第二次世界大战时期的油轮，并在德国的一家造船厂对它们进行了改装，通过嵌入所谓的中间体来加长了船身。这些“加大了尺寸的”轮船可以运载476只集装箱—是海陆联运公司现有集装箱船容量的2倍，是“理想X号”的8倍。竞争对手们抗议说，在德国进行的改造使得这些船没有资格作为“美国的”船跑国内航线，但他们的抗议毫无作用。在1962年，政府批准麦克莱恩可以把这些船用于纽华克与加利福尼亚之间的航运业务，这让海陆联运公司成为了唯一的近岸内航道轮船公司。不平衡的贸易使得近岸内航道的经济状况变化莫测：东向的业务非常繁忙，要运送大量来自加利福尼亚中央谷的罐装水果和蔬菜，每月要处理的货物量有上万吨；但是，去往加利福尼亚方向的轮船常常只运载着7 000吨的货物以及大量的空集装箱。不过，这样的经济状况也保证了近岸内航道上不会有激烈的竞争—那里只是没有足够的货运量。
即使是在海陆联运公司向西海岸扩张的时候，麦克莱恩也密切关注着波多黎各。对美国的轮船公司来说，波多黎各是一个很有吸引力的市场。得益于联邦政府名为“自力更生行动”（Operation Bootstrap）的经济发展计划，波多黎各的经济飞速增长。这项以优厚的税收激励为特色的发展计划，吸引了数千家基地在美国的企业涌向这个在20世纪50年代还很贫穷落后的岛屿。这些企业将把他们的原材料从美国本土进口到波多黎各，然后利用波多黎各的廉价劳动力来加工和组装，最后再把他们的产品运回美国。在1953～1958年，波多黎各的私人固定投资增长了一倍还多，他们的经济产值也在以每年8%～10%的速度增长。这种繁荣也意味着航运需求的迅速增长—而且，由于美国有复杂的法律约束着航运部门，所以只有美国国内的轮船公司可以插手这些贸易，而外国人拥有的企业以及领取补贴来运营国际航线的美国企业没有资格。
海陆联运公司自1958年以来就在经营通往圣胡安的航线，但是他们的业务不太值得效仿。他们在那里没有货运码头。到港集装箱往往装有给多个不同客户的货物，它们常常会在码头附近破旧的铝制货仓中滞留好几个月，因为那里没有快捷的方法可以通知客户他们的货物到了。用卡车运往岛上其他地方的集装箱经常失踪，变成了别人的小商店、仓库或者住房。“情况简直糟透了。”负责波多黎各业务的一位主管回忆说。海陆联运公司想要夺取市场份额的努力几乎没有取得什么进展。作为这个市场上最有势力的运输业者，布尔轮船公司控制着从本土到波多黎各一半的南向货运以及90%的北向货运。
在1961年3月，麦克莱恩工业公司意外地提出要收购布尔轮船公司。对于一家资源已经到了极限的公司来说，1 000万美元的出价显得非常夸张。麦克莱恩工业公司在1960年的巨大亏损已经掏空了他们的全部留存收益。海陆联运公司的资产净值已经是负110万美元，尽管麦克莱恩的会计让该公司的情况看起来比实际的更严重。因为前两年里同海陆联运公司竞争已经浪费了不少钱，所以布尔轮船公司也是债台高筑，公司的所有者们都急着想卖掉它。布尔公司吸引麦克莱恩的地方在于，这笔交易会让海陆联运公司在波多黎各的贸易中取得近于垄断的地位—这也正是联邦的反垄断机构反对这桩交易的原因。布尔公司的董事们收到了联邦政府建议他们不要与麦克莱恩继续接洽的电报；他们很快就找到了另一个买家。麦克莱恩感到自己被耍了，他想报仇，试图阻止布尔公司从海军购得两艘旧轮船的努力。
然而接着却是意外的好运降临了：收购布尔公司的那家私有航运集团因扩张过快而陷入了财务困境。他们首先停止了为布尔公司购置的两艘轮船的改造，接着在1962年6月，他们彻底地停止了航运。当布尔轮船公司最终破产时，麦克莱恩就能够夺取那两艘船了。一夜之间，在这个几乎完全要依赖美国航运的岛屿上，海陆联运公司变成了最有势力的运输业者。在新的竞争对手能够进入之前，他们迅速地巩固了自己的地位，安排了从纽华克到圣胡安每两天一班的集装箱船，还增加了从西海岸和巴尔的摩出发的航运班次。在1962年和1963年，海陆联运公司花了200多万美元在圣胡安新建了两座货运码头。他们还走了一步在政治上很英明的棋，开通了到波多黎各的两个港口庞塞和马亚圭斯的航线。除了罐装的金枪鱼，这两个城市都没有很多的货物需要用集装箱运出，但是在那里提供集装箱服务为麦克莱恩赢得了特奥多罗·莫斯科索的好感—他是“自力更生行动”的设计者，在波多黎各的经济发展中是一个非常有影响力的人物。
海陆联运公司在波多黎各的业务扩张与那里引人瞩目的经济繁荣同时发生。在20世纪50年代，“自力更生行动”给波多黎各吸引来的主要是劳动密集型的小工厂。很多工人第一次得到了薪水稳定的工作，而个人收入的增加推动了消费支出的猛涨。从1954～1963年，扣除物价上涨因素之后，零售额增长了91%。这些商品大部分来自美国本土，经海运到达波多黎各。当工资的上涨开始让这个岛屿对劳动密集型工厂的吸引力减弱了时，“自力更生行动”采取了协同一致的努力来吸引资本密集型的大制造商。在1955年，制造业仅占波多黎各的经济产值的18%，在1960年达到了21%，到1970年时增长到了25%，而且其中大部分的增长是来自于非传统的部门，比如药品和金属制品。20世纪60年代期间，波多黎各与美国本土之间的贸易总额增长了近两倍，而所有这些贸易几乎都是靠航运完成的。
海陆联运公司从这种繁荣中受益匪浅—当然，他们也推动和促进了这种繁荣。波多黎各依赖于航运的经济一直受制于高运输成本。从1947～1957年，随着美国的总体物价上涨了31%，本土与波多黎各之间的航运费用上涨了大约50%。在那十年中，联邦政府的管制机构批准了5次运价上调，这有效地把美国各轮船公司的低效率所造成的损失转嫁到了波多黎各的消费者头上。麦克莱恩在1958年闯入了波多黎各的贸易，这开始动摇了不合理的运价体系—布尔轮船公司是既有运价体系的主要受益者。据海陆联运公司估计，在后来的十年里，从纽约向圣胡安运送消费品的成本下降了19%，而运送一卡车货物的每吨平均费用下降了1/3。对南向运输的工业零件和北向运输的制成品来说，更低的运费进一步凸显了在波多黎各开设工厂的优势。麦克莱恩工业公司成立了一家新的子公司，来帮助制造商在波多黎各设厂。到了1967年，海陆联运公司每周可以在波多黎各和美国本土之间运送1 800只集装箱，其中有一半是来自或运往波多黎各的众多工厂的。
海陆联运公司在波多黎各不可撼动的地位为他们的发展提供了坚实的基础。在1962年的年底，海陆联运公司拥有7 848只集装箱、4 876架底盘和386辆牵引车。到了1965年的年底，他们已经拥有了13 535只集装箱和15艘集装箱船，可以停靠15个港口，还以波多黎各为中心服务于维尔京群岛。在这个不断扩张的企业帝国的中心，是他们在新泽西州伊丽莎白港的新办公大楼—从那里可以清楚地望见他们的新码头，也是世界上第一座专门建造的集装箱货运码头。像伊丽莎白港的其他综合性建筑一样，这座办公楼也是由纽约港务局建造的，海陆联运公司没花一分钱。“很多人以为马尔科姆在建一座宏伟的宝塔，”1962年进入海陆联运公司的杰拉尔德·图米回忆说，“他知道自己在做什么。如果你动笔算算建筑成本以及公司在各种资源上的节约，你就会发现，这是一笔非常划算的交易。”
到了1963年，海陆联运公司已经成了一家拥有近3 000名员工的大企业，当然也越来越难以管理了。他们在1962年装备了计算机，但仅仅是用于工资管理这样的行政目的；在伊丽莎白港，海陆联运公司用高高挂在其八边形控制室墙上的磁性板来追踪到港和离港的集装箱：一个员工站在下面，每当有一只集装箱被运进堆场时，他就用手里的长杆挪动磁性板上对应的小铁块。在每一天结束时，他们要给磁性板拍照，以便留下永久的记录。集装箱有爱失踪的毛病，尤其是在波多黎各—那里的仓库空间很紧张，以至于很多收货人都把货物寄存在到达的集装箱里；公司的总部制作了一份“时效报表”，上面列出了已经失踪超过一周的集装箱，而在一个经理打来电话之前，当地的主管们会发疯似地不停地打电话，试图找到失踪集装箱的下落。装船需要好几组配载计划员盯着列有每只集装箱的重量和尺寸的数据表单—这已经是他们能够想到的最好方法了。直到1965年，计算机才开始承担起了这项工作。
马尔科姆·麦克莱恩已经无法再像以前那样亲自过问每一个决定了。不过，他的基本管理方法仍然没变。麦克莱恩仍旧每天都出现在总部的大楼里。“当你来上班的时候，他会对你说：‘早上好，你们今天上午干得怎么样？’；这是很平常的事。”一个长期为海陆联运公司工作的会计师回忆说，“马尔科姆是一个非常善于推销的人；他会让你觉得他很了解你。”当他们需要在巴尔的摩或杰克逊维尔为集装箱货物的整理建一座仓库时，麦克莱恩会亲自去选址。当他们需要冷冻集装箱时，经理们会花上两天的时间来争论到底该买多少只，没想到最后麦克莱恩却说：“我很感激你们的尽责，但我已经签下了采购500只的合同。”在1963年，当收购阿拉斯加轮船货运公司的机会到来时，麦克莱恩几乎没怎么研究这家公司的财务状况，更没怎么考虑一些运营问题，比如冬天使用安克雷奇港的问题。麦克莱恩很心急；这个迅速地打入阿拉斯加贸易的机会实在太好了，绝对不能错过。
最重要的是，他始终关注着钱的问题。当订载信息从偏远的货运码头传回总部时，电传打字机会噼里啪啦地响个不停。职员们会更新记录，显示每一只集装箱已经流转了多少天，已经装运过了多少吨货物，已经给公司赚回来了多少钱。地理分析揭示了海陆联运的货物所具有的陆上运输规律。月度财务报告表明了从纽华克运往得克萨斯的每一种商品给海陆联运公司带来了多少收入，从而提醒所有的员工，运送重18吨的一集装箱酒，所赚到的钱要比运送重4吨的一集装箱玩具多一倍。每周的报告记录了现金流。另外，他们还始终没有忘记不断地改善成本控制的要求。在庞塞，将处理每100磅货物的成本刨去1.6美分，一年就可以节约下14 300美元。让每班工人每小时多装卸一个集装箱，这会让公司一年节约下18万美元。把长途电话的通话时间限制在3分钟之内，这又会给公司节约下6.5万美元。“或许，当年我们对财务结果的关注要超过如今的任何一家公司。”海陆联运公司后来的首席财务官厄尔·霍尔回忆说。在1961年，海陆联运公司走过了6个年头的集装箱业务终于有了盈余。只要麦克莱恩在专注于它的经营和管理，海陆联运公司就再也不会亏损了。
海陆联运公司的阴谋是要在6年里报废他们的轮船—对轮船这样的耐用资产来说，6年的服役期实在是太短了。数额非常巨大的资产注销会让短期的利润前景看起来十分黯淡，但这意味着一旦那些轮船进行了充分的折旧，海陆联运公司就能够在几年之后报告非常高的利润。这种故意压低短期盈利能力的会计手法，并没有得到检查公司财务报告的分析师们的普遍认同。在20世纪60年代中期，国内税务局（Internal Revenue Service）迫使海陆联运公司将其轮船的折旧期延长到了15年，他们的财务报表就变得不那么含糊了。请参见作者在1993年5月21日对厄尔·霍尔的电话采访，以及麦克莱恩工业公司1965年的年度财务报告。关于对布尔轮船公司的竞标。麦克莱恩想阻止政府把轮船卖给布尔轮船公司的努力，是他一生中众多令人难为情的趣事中的一件。他在国会就这一纠纷召开的听证会上说，政府把旧轮船卖给非补贴轮船公司的计划是一项“赠送计划”，但是后来他又被迫承认沃特曼轮船公司已经在同样的计划下申请了廉价的轮船；他说，沃特曼轮船公司的申请是“一个错误”，尽管他并没有设法去纠正这个错误。
