郑成功去世后，由他的长子郑经继位。郑经也可是郑氏家族自郑芝龙起第三代强人。新兴的清王朝念念不忘威胁自己王朝的南明势力，一日不除，如鲠在喉，既杀不死你，也要困死你，于是对台采取了迁界之策，将大陆沿海各省海边居民尽迁入内地，离海30里村居民宅全部烧毁，制造"无人区"，以此堵绝台湾与大陆的联系。因为清庭的封锁，台湾非常缺粮，郑经毅然决定在岛内大量开垦荒地以自力更生。他从大陆沿海招纳了大量流亡人口，使具有中国传统文化的中国人越来越多，最后远远超过了土著居民，奠定了台湾居民都是中国人这一基础。郑经除开垦荒地外，突破清庭封锁的另一个方法就是以商业立国，对外实行开放政策。当1670年6月23日英国商船驶至安平港外，郑经立即发炮庆祝，优待英国人，并与英商签订了通商协议。此后，每年有五艘英船戴着步枪、火药、精细器皿来台与台湾的香料、蔗糖等物质交换。在此政策下，使清廷的封锁政策对台湾没有什么效果，反而逐渐富裕起来了。郑经屡屡雄心勃勃，欲扬先父的雄姿收复中原，然而他心有余而力不足，其才能无法与郑成功相比，更不如郑芝龙，故而虽作出两次渡海出师西征福建之势，但败得很狼狈，手下20万大军投降者无数，他见大势已去，遂放弃在大陆的一切城池不得不乘船回台，因两次西征台湾之民力亦因支撑战争而消耗殆尽，壮志示酬而意志消沉，于1681年春病死，时年才39岁。
虽然台湾的郑氏政权延及澎湖、金门、厦门拥兵自重仍打的是南明的旗号，但雄才大略的清王朝康熙皇帝拒不承认对台的战争是国与国的战争，只是中央政府与地方政权内部的争斗。为了实现中华一统，他对台的方略是剿抚并用，甚至许诺只要台湾归顺清王朝，郑氏可以在台世袭为王。当1681年2月，康熙皇帝得到郑经暴死后诸子争位而郑经当年两次西征使台湾民力因支撑战争而消耗殆尽的情报，立即果断地启用精通海战原郑氏降将时任内大臣的施琅出任福建水师提督，全权负责攻台事宜。
1683年农历6月14日即公元7月8日，施琅亲率战舰230艘，二万余人自福建铜山出发，15日上午前锋船只抵澎湖。此时郑军由大将刘国轩亲率所有精锐坚守澎湖，除把水陆官兵2万余名，大小船舰200余艘集中澎湖外，还在要冲地点加筑炮城14座，沿海筑造女墙壕沟20余里，安设铳炮严防待敌。清军16日发起进攻，先后焚毁、击沉和俘获郑军大船89艘，其它小船107艘，杀死郑军将领头目300余人，士兵一万二千余名，其余的郑军纷纷投降。施琅在歼灭郑军后，立即安抚当地居民群众，对郑军将领以礼相待；士卒则给他们银米；有负伤的人也代为医治；有欲见妻子儿女的则派小船将他们送到台湾。投降的士兵把这一切在岛内辗转传述，岛内人心更加涣散，毫无斗志。施琅又派人以中华一统的大义游说刘国轩。刘国轩本是血性男儿，深明大义，战败回台后极力主张台湾与大陆结成一体，并派兵监视郑氏子孙以防率师南下吕宋即现在的菲律宾别有它图。1683年10月施琅率军登上台湾岛，迫于形势，郑经的儿子郑克慡只好上表求降。自此结束了郑氏在台湾的22年统治。
当台湾统一的捷报传到北京，满清王朝在欢庆之余，大事论功行赏。对满清王朝而言，统一台湾，只是消除了多年的边患，完成了大一统的心愿，而对于台湾的治理，却不十分重视。当时，对于台湾之处置有两种意见，一种认为台湾乃海外孤岛远离中土，并有台湾海峡相隔，按当时的交通工具，来往大陆实不方便，故台湾可不视为中土之地，无需耗费钱财在此，不如放弃台湾，迁走在台百姓使其地荒芜，这样，即使是海盗也无栖身之地。显然这是腐儒们的根本与枝叶之说，他们根本不懂得丢掉台湾无异于将自己的家门敞开，侵略者可以不远十万里、百万里，难道还怕台湾与大陆之间一个小小海峡的路程吗？他们更不懂得将郑氏家族苦心经营多年的台湾岛放弃掉，他们即使不怕洋人再来，难道就不怕再有第二个郑成功吗？为台湾的统一立下了汗马功劳的施琅，深知台湾的战略地位及其在国际关系中的重要性，他怒斥那些腐儒们的根本与枝叶之说，会害了整个中国。为此，他特向康熙皇帝上了一封《陈台弃留利害疏》，详述了台湾与东南海防的重要关系。他指出台湾与东南沿海诸省的地方相连，山川峻峭，港道迂回，是江、浙、闽、粤四省之左护。故没有台湾，沿海就不得安宁，它关系着四省之安危。施琅把台湾在我国海防上的重要提高到如此高的地位，在历史上这还是第一次，不愧是很有远见卓识的人物。他总结道："台湾虽属外岛实属四省之要害，勿论彼中耕种，犹能少资兵食，固当议留；即为不毛荒境，必借内地挽转运输，亦断断乎不可弃！"再三强调在任何情况下都不应放弃台湾，更何况台湾不但是肥沃之地，在经济上有无限的发展前途，可称之中华的宝岛。
精明的康熙皇帝接受了施琅的建议，最后决定将台湾收入中国版图称为台湾府，下设三县，由福建省巡抚管理。从此，台湾重新回到祖国统一大家庭的怀抱。
究历史而言，明末郑氏家族、清初满清王朝都对祖国的统一有很大的功劳。
古老的中华成为西方列强争相分噬的一块肥肉，台湾首当其冲。
其实古老中华，不仅有广主袤的陆地国土，而且有浩瀚的海洋国土，不但曾是一个陆上强国，而且也是一个海上强国。华夏民族的祖先们，在4500年前就已经认识海洋，走向海洋。华夏民族的龙图腾文化形象，在世界上是唯一的，也是最古老的。龙是至高无上的威严和震慑宇宙的力量的象征。它是以征服海洋为基调，凌驾寰宇，俯控大地的神奇化的物质力量和精神力量的文化表现。这实际上是华夏先民们企图取得控制海洋从而驾控宇宙权力思想的萌发。古代中国的舟船制造和航海事业，居于世界先驱地位。春秋战国时期，中国的海上力量和航海事业，超过古希腊。至秦汉时期，海上力量和航海事业有了更大发展，其舟师成为一支雄视东亚海区的海上武力，出现了征服海洋和经略海洋的第一个鼎盛时期，伏波将军、楼船将军们麾下的楼船军乘风破浪驰骋万里海疆。15世纪初，即1403年至1435年，距今6百年前的郑和率领着浩浩荡荡的明朝的舰队7下西洋，横渡大西洋，远至非洲红海的壮举，比西方近代史学家经常夸耀的哥伦布横渡大西洋发现新大陆早达近半个世纪之久。古代中国，在古老的海权思想指导下的海洋实践，包括海上力量的不断发展、海洋事业的不断开拓，东方海上强国的地位盛而不衰，一直持续了大约21个世纪之久，这在世界历史上是绝无仅有的历史现象。中国所以形成历史悠久、众多民族、古老文明的有大统一观念的国家，自古以来形成的"四海会同"的社会思想和观念形态，中华陆海天下的物资力量和精神力量，具有决定性意义。然而，进入16世纪中期以后，古老中华开始走向衰落了。所以造成这一衰落，有政治的、社会结构的、思想方法的等方面的原因，而实行闭关锁国，退出海洋领域，失去海洋意识和海权思想，则是其主要原因，其结果，造成4个世纪的中华历史畸形；海上力量逐渐趋于没落，海洋开拓精神逐渐为大陆保守思想所消融；国家观念从"陆海天下"蜕变为"陆地天下"即所谓"江山""山河"观念；国家的政略和战略领域，只有大陆，而没有海洋。频临海洋的国家，即使是一个大国，如果一旦它只限于在陆地领域求发展，而忽视了海洋，其必然的前途，就是在世界舞台上变成了一个弱者，变成一个受欺凌者！
在19世纪40-60年代，衰落得向乎没有什么海上力量的大清王朝，在西方列强的侵华舰队的海上进攻面前，连遭失败，古老的中国自然成为列强争相分噬的一块肥肉，台湾由于物产丰富和战略地位而首当其冲。
1841年中英鸦片战争前，台湾是鸦片走私活动最猖獗的地区之一。鸦片战争期间，英国运输舰驶入台湾基隆港，炮轰中国炮台，遭守军还击，终于难以得逞而逃走。但在第二次鸦片战争后，许多外国商人、鸦片烟贩和冒险家们争先恐后拥入台湾，以不平等条约为护符，以炮舰为后盾，肆意恫吓官民，欺压人民，无恶不作。他们凭着雄厚的资金、先进的通讯工具，在短短的几年内，便牢牢地控制了台湾主要商品的进出口贸易，使台湾迅速沦为半殖民地。在这片中国人开辟出且属于中国人的土地上，中国人却再一次遭受被掠夺的命运。
1868年，英商华麒麟在事先未得到台湾当局许可的情况下，擅自在台湾梧栖私开洋栈，收购樟脑，并将私购来的樟脑出口，被鹿港同知洪熙查获扣留。不久华又私自潜入梧栖，台湾地方当局下令通缉。华开枪抗拒，逃往淡水。英国领事以保护英商为借口，要求英政府派军舰来台。英军动用武力，派军舰占领了安平。在英军的武力肋迫下，强迫台湾知府与其签订了《樟脑条约》，清政府承认废止樟脑官营，准许英商前往台湾内地买办，赔偿英商损失，撤换"起事"官员。英军于一周后撤兵。
大洋彼岸的美国对台湾的野心早已有之。1849年，就有美船"道芬号"航抵基隆。1854年，美国东方舰队司令伯里在访问日本时，以援救航行中遇难的美国人为名，再次派遣军舰"马其顿号"和"供应号"前往台湾，勘察基隆煤矿，测绘台湾海岸的地图，写成《有力的美人》一文。文中说：从地理位置上看，台湾"可以和中国、日本、琉球、交趾支那、柬埔寨、暹罗、菲律兵以及附近所有岛屿交通……""它在海陆军事上占有优越的地位，……不但瞰视，而且可以控制这些商埠和中国海面东北方的入口。""台湾是一个有价值的岛屿，对美国的价值最大。"他竭力建议美国政府占领台湾。同年，美国驻宁波领事哈利斯写了一份长达100多页的意见书寄给美国国务卿，主张用钱购买台湾。1857年，美新任公使巴加向美国务院提出报告，坚持应该变台湾为美国的直接殖民地。1867年5月，美国舰队司令贝尔率巡洋舰"哈德福号"和"威奥明号"，载陆战队官兵181名从上海赶往台湾。6月23日美舰驶抵台湾打狗港后，没有同中国地方当局接触，直接约英国领事随舰同行。他们以为凭船坚炮利便可对台湾居民为所欲为，但遭到台湾人民的强烈抗击，侵略军被迫狼狈逃回。
19世纪中叶，数百年来一直梦想扩疆台湾的日本，原也是个封建之国，也曾与中国王朝一样，为防西方势力的侵入执行"闭关锁国"政策，吃尽了苦头后，当时的日本明治天皇决意以西方为榜样，实施欧化政策，这就是日本历史上著名的"明治维新"。日本"明治维新"国内矛盾日趋尖锐，为转移内部视线，日本内阁会议决定重温旧梦向台湾出兵。1874年4月4日，日本正式设立侵台机构--台湾都督府，积极准备武力侵台。1874年5月，日本借口保护琉球船民，派西方从道为蕃地事务总督，率军舰载日本兵3000余人从长崎出发，在台湾南部的琅峤登陆，镇压台湾高山族牡丹社和高士佛社。日本的侵略行径遭到高山族人民的顽强抵抗，他们赁着石门天险，打死日本侵略军500余人。后来，日军采取迂回包抄战术，才击败高山族人民，占领牡丹社。随后，日本侵略者开始以包山为基地，修筑医院、营房、道路，建立都督，并向后山南北分发日本国旗，准备长期占领台湾。日本对台湾的侵略有损于美国、英国的在台利益，美国驻日公使即宣布解除原来日本向其商借船只的契约；英国公使也认为日本是侵略战争，如此一来，日本政府感到狼狈之极，深怕引起西方列强公愤成为众矢之的，最后不得不决定息兵，以软弱可欺的清政府赔款50万白银承认其吞并琉球了结"台湾事件"。
此时的法国认为台湾孤悬中国大陆之外，守御薄弱，易于攻占，占领台湾可据为控制西太平洋的基地。
1883年法国政府以法国传教士被中国人杀死为由爆发中法战争。战争开始不久，战火就扩展到福建、台湾沿海。1883年7月，清政府派淮军名将刘铭传以巡抚衔督办台湾实业军务，率兵增援台湾。
1884年4月，台湾北圻失陷后，清政府派大臣李鸿章与法使谈判期间，法国即不断挑衅，准备大举侵犯基隆港。同年8月，由法国海军中将孤拔和海军少将利士比统率的远东舰队向基隆港守军发起进攻，击毁基隆炮台。但台湾守军在刘铭传的带领下，奋勇作战，大败法军。法军在基隆受挫后，利用清军将吏相信"和谈"，未作准备之际，转而袭击福建马江，将南洋水师所有的战舰击沉，法军从此便掌握了台湾海峡的制海权。9月30日，法军分为两队，一队由孤拔率舰五艘进犯基隆，另一队由利士比率舰三艘猛攻淡水。刘铭传采取弃基隆守淡水的策略，10月2日上午，法舰开始炮击沪尾街。8日，淡水法军在获得基隆方面军舰三艘、陆战队员600名增援后，以战舰七艘轰沪尾街和各处据点，乘浓烟蔽天之际登陆。我守军待法军进入包围圈后，从北、东、南三个方向奋起截击，锐不可挡。在短兵相接中，法军伤亡累累，全线崩溃。淡水的惨败，使法军攻占台湾北部的计划化为泡影。
为了挽救军事受挫、和谈停顿的困境，法侵略军宣布自10月3日起封锁台湾。法军的封锁使台湾对外贸易、交通中断，生产停滞。在极端困难的情况下，全台军民同仇敌忾，有钱出钱，有力出力。许多大陆小船只，不顾风浪和被截击的危险，采取各种方式突破法军封锁线，把3000名淮军和钢炮、步枪、弹药、鱼雷等武器及十万两饷银运到台湾。在全国上下大力支援下，台湾终于渡过了因法军封锁所引起的社会经济危机。法侵台军淡水惨败后，即集中兵力于基隆。在基隆河北岸经过近四个月的激战，双方伤亡惨重，形成对峙局面。在远离台湾的另一战场上，清军在爱国老将冯子材的率领下取得了镇南关大捷，沉重打击了法国侵略军的嚣张气焰。综观此时战局，法国侵略军已处劣势。
1885年6月9日，中法议和，签订天津条约，清政府承认法国为越南保护国，法国撤出基隆、澎湖。法国侵略台湾的战争彻底失败，留下的只有基隆法军战士的墓碑。
此役使清朝政府中一批有识之士更清醒地认识到台湾的重要战略地位。爱国将领左宗棠奏议朝廷："今日之事势，以海防为要图，而闽省之筹防，以台湾为重地。"钦差大臣、两江总督沈葆桢则称台湾为"南洋之枢纽"、"七省之藩篱"，他很赞同两百年前施琅的结论，在任何情况下都不应弃台而不顾。
当时清王朝的掌权者慈禧太后有时还有些眼力，她采纳左宗棠等人的建议，为加强台湾的防务与管理，于1885年10月下令筹建台湾省，并以抗法有功的刘铭传正式充任台湾巡抚。1887年，清政府改台湾为行省，下设台湾、台南、台北三府及台东直隶州，这样台湾正式以一个行省的行政建制，纳入了中央政权的管辖范围。
